文档介绍：2017-2-16 第二第二章章核酸序列分析核酸序列分析 Nucleic Nucleic Acid Acid sequence sequence Analysis Analysis 2017-2-16 § § 生物信息学数据库生物信息学数据库 Bioinformatics database Bioinformatics database 2017-2-16 生物信息学最重要的任务是从海量数据中提取新知识 2017-2-16 生物信息学数据存在的问题?信息源分布在世界各地不同的站点上?涉及多个数据源的全局问题无法立刻得到答案– Painfully collecting unstructured information around the sites – Manually putting pieces together – Hopefully getting the right picture... ?总之,信息源的特点是: –自治的(autonomous) –分布式的(distributed) –异构的(heterogeneous) 数据集成 Data Integration 2017-2-16 一、生物信息学数据库生物信息学数据库的种类?分子生物信息数据库种类繁多。归纳起来,大体可以分为 4个大类: ?基因组数据库?核酸和蛋白质一级结构数据库?生物大分子(主要是蛋白质)三维空间结构数据库?由上述 3类数据库和文献资料为基础构建的二级数据库 2017-2-16 ?生物信息数据库的分类一级数据库?数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据,只经过简单的归类整理和注释?一级核酸数据库: EMBL database , GenBank database , DDBJ database ?一级蛋白质序列数据库: SWISS-PORT database , PIR database ?一级蛋白质结构数据库: PDB database 二级数据库?对原始生物分子数据进行整理、分类的结果,是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立?人类基因组图谱库 GDB ?蛋白质结构分类数据库 SCOP , CATH ?蛋白质序列功能位点数据库 Prosite 2017-2-16 ?《核酸研究》杂志——《《 Nucleic Acids Research 》( http:// nar. /)自 1993 年起,每年都会在第一期推出生物数据库特刊,介绍上一年度的数据库增加和更新情况。?至 2010 年,生物信息学数据库总数已达 1230 个。 2017-2-16 2017-2-16 核酸序列数据库 2017-2-16 2017-2-16 相关数据库及其主要分类相关数据库及其主要分类 1 核酸序列数据库 2. RNA 序列数据库 3. 蛋白质序列数据库 4. 结构数据库 5. 基因组数据库(非脊椎动物) 6. 代谢酶相关产物 7. 人类和其他脊椎动物基因组 8. 人类基因和疾病 9. 其他数据和其他基因表达数据库 10. 蛋白组资源 11. 其他分子生物学数据库 12. 细胞器官数据库 13. 植物数据库 14. 免疫学数据库