生物信息学课件2.ppt

文档介绍：生物信息学第二章 生物信息学的计算机基础
本课目录
基础知识
程序语言
算法
数据库
计算机网络
2
一、基础知识
3
计算机的结构（硬件）
CPU只认识二进制数:100110…
4
操作系统(Windows)、桌面
5
古老的系统DOS与命令行程序
Windows的前身是MS-DOS
Windows中的虚拟DOS（附件/命令行提示符）
在生物信息学中仍有广泛应用
目的是运行命令行程序
没有Windows图形界面的程序
演示…
6
为什么很多生物信息学程序要用命令行
速度
便于自动化
批处理 (DOS)
脚本 (Linux)
BioEdit很好的利用了这一点
7
命令与参数
命令提示符(command prompt)
> (DOS)
$ (Linux)
DOS命令
type, cd, dir…
参数
应该使用什么参数: 帮助
/? /h -h --help
8
DOS常用命令
x: 进入某一硬盘分区
dir 显示当前目录中的内容
cd 进入某一目录/显示当前目录
md 创建目录 (mkdir)
copy 拷贝文件
del 删除文件
move 移动文件,更改文件名
type 打印某一文件内容
pause 暂停 (多用于批处理)
@ 隐藏命令行 (多用于批处理)
9
批处理
扩展名: bat (batch)
例: 做一个批处理再现BioEdit自动建树
工具: 记事本
步骤
让资源管理器显示扩展名
安装BioEdit及TreeView,
制作bat
clustalw %
TREEVIEW_PATH\treev32 %
运行example test
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