文档介绍：1
什么是微生物分类学(microbialtaxonomy):
按照微生物的亲缘关系将其安排成条理清楚的各种分类单元和分类群的科学
微生物分类的目的
把各种微生物按照它们的亲缘关系分群归类，排成系统，以便于人们对微生物进行鉴定和交流
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生物界的分类
地球上的物种估计大约有150万，其中微生物超过10万种，而且其数目还在不断增加。
在生物进化历史过程中演化形成生物种类和种群的多样性。
生物分类就是通过研究生物的系统发育及其进化历史，揭示各类生物的多样性及其系统关系，编制分类系统，还原生物的自然历史位置。
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★微生物分类学的三个任务：分类、鉴定及命名
☆分类是根据微生物的相似性和亲缘关系，将微生物归入不同的分类类群。
☆鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程。
☆命名是根据国际命名法规给微生物分类单元以科学的名称。
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第一节 通用分类单元
一、种以上的系统分类单元
界、门、纲、目、科、属、种
种是最基本的分类单位
每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科...
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界
门
纲
目
科
属
种
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种（species）：是一个基本分类单位；是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内其他种有明显差别的菌株的总称。
菌株（strain）: 表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代（起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代菌群）。因此，一种微生物的不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株。菌株强调的是遗传型纯的谱系。
例如：大肠埃希氏杆菌的两个菌株：
Escherichia coli B 和Escherichia coli K12
★菌株的表示法：
★种是分类学上的基本单位，菌株是实际上应用的基本单位，因为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大的不同和差别！
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新种（species nova，或nov sp.）是指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。当发现在按《国际命名法规》对它命名并在规定的学术刊物上发表时，应在其学名后附上“”符号。在新种发表前，其模式菌株的培养物就应存放在一个永久性的可靠的菌种保藏机构中，并允许研究人员取得该菌种。
中国希瓦氏菌Shewanel lacinica . （许玫英等，微生物学报，2004，44(5):561-566）
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以啤酒酵母为例，它在分类学上的地位是：
界(Kindom)：真菌界
门(Phyllum)：真菌门
纲(Class)：子囊菌纲
目(Order)：内孢霉目
科(Family)：内孢霉科
属(Genus)：酵母属
种(Species)：啤酒酵母
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学名—是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。
①双名法：
学名=属名+种名加词+（首次定名人）+现定名人+定名年份
属名：拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母大写，表示微生物的主要特征，由微生物构造，形状或由科学家命名。
种名：拉丁文形容词，字首小写，为微生物次要特征， 如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。
二、微生物的命名
必要，用斜体表示
可省略，用正体字
微生物的名字有俗名和学名两种。如： 红色面包霉———粗糙脉孢霉
绿脓杆菌———铜绿假单胞菌
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例：大肠埃希氏杆菌
Escherichia coli （Migula）Castellani et Chalmers 1919
金黄色葡萄球菌
Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
◆当泛指某一属微生物，而不特指该属中某一种（或未定种名）时，.（分别代表species 缩写的单数和复数形式）
例如：Saccharomyces sp.
表示酵母菌属中的一个种。
华癸根瘤菌
Rhizobium huakuii
Rhizo