文档介绍：单核苷酸多态性(SNP ) 林壹明 2011/5/9 主要内容?一、 SNP 概念、分类与特点?二、 SNP 检测技术?三、 SNP 研究现状?四、 SNP 应用前景?SNP(single nucleotide polymophism) 即单核苷酸多态性,是指群体中变异频率大于 1 % 的单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性,包括转换、颠换、缺失和插入。但是比较常见的是转换和颠换,大约占 80% 。?一般来说,一个 SNP 位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。 SNP 在人基因组中的发生频率比较高,大约平均每 1000 个碱基中就有一个多态位点。 SNP 概念 SNP 分类?根据在基因中的位置, SNP 可分为基因编码区 SNP(coding SNP, cSNP) 、基因内含子区 SNP 和基因调控区 SNP(regulatory SNP, rSNP) 。?其中 cSNP 根据是否改变编码的氨基酸又可分为同义 cSNP (synonymous cSNP) 和非同义 cSNP (non-synonymous cSNP) 。 SNP 的主要特征?(一)、密度高。 SNPs 在人类基因组中的总数超过 300 万。?(二)、遗传稳定性好。?(三)、分布不均匀。非编码区的数目远远大于编码区的数目。?(四)、具有代表性。?(五)、分析易自动化。由于每个 SNP 位点通常仅含两个等位基因——双等位基因(biallele) ,在检测时能通过一个简单的“+/?”分析进行基因型分型,而无需分析片段的长度,因而易于自动化。 SNP 检测技术理想的检测 SNPs 的方法——发现未知的SNPs ,或检测已知的SNPs ?必须具备以下优点: (1) 适合自动化操作,简便、迅速; (2) 分析费用低,特殊试剂用量少; (3) 反应要严紧,即使不纯的样品也可得到可靠的结果; (4) 数据分析简单,易于自动化分析; (5) 反应的通量要大而灵活,一天可以完成几百,甚至到上百万个样品的检测与分析。现在常用的 SNP 检测技术: (如高锰酸钾法),物理法(例如基质辅助的激光吸附/离子化飞行时间质谱分析) 等。 ?原理:短的核苷酸探针在和互补的目的片段进行杂交时, 在完全匹配和有错配两种情况下,根据杂交复合体稳定性的不同而将 SNPs 位点检测出来。(Tm差异越大,检测的特异性就越好) ?分为: (1 )利用△Tm; (2 )杂交+荧光探针。(1) 利用△Tm ?固定温度等位基因特异核苷酸探针 (Allele-specific oligonucleotide ,ASO) 。修饰过的探针:引入一个错配的碱基、 PNA 、 LNAs 等?动态的加热过程动态等位基因特异杂交 (dynamic allele- specific hybridization, DASH ) 核酸肽探针(Peptide nucleic acids ,PNA) ?其骨架是肽键?特点: 1、与靶分子高特异性地结合(3个方面的影响); 2、链挤入(形成三链复合结构)(表达调控以及反义治疗方面); 3、对核酸酶和蛋白酶均不敏感(体外应用)。