文档介绍：FreeROI 在功能磁共振成像ROI分析中的应用
黄利皆
神经影像计算小组 @刘嘉实验室
认知神经科学与学习国家重点实验室
北京师范大学
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2021/3/10
在应用ROI分析的研究中，ROI的确定方式主要有以下几种
根据解剖图谱确定ROI
根据功能激活区确定ROI
以确定坐标点为中心生成规则ROI
前言
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打开一个terminal
输入freeroi，键入回车，开启程序
点击File -> Open standard volume，打开一个结构像
FreeROI使用方法
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FreeROI使用方法
图像区：以不同的形式呈现图像
在不同的图像显示形式间切换
导入新volume；
删除已载入的volume；
新建空白volume；
保存volume数据到文件；
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FreeROI使用方法
改变volume的排列顺序；设置激活值阈限；设置volume显示颜色；显示当前鼠标选择点坐标
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由脑结构图谱生成ROI
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载入HarvardOxford-cort-maxprob-thr25-，显示颜色为rainbow。
假设我们想针对特定脑区开展研究
选中Harvard Oxford模板
点击工具栏ROI toolset一项，弹出对话框
根据需要选择脑区，提取ROI
由脑结构模板生成ROI
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基于当前的研究结果，我们还没有准确的找到大脑功能区和结构脑区之间的对应关系。
同时，结构脑区的划分程度相对较粗，一个结构脑区中可能同时包含多个功能脑区。
以上问题要求我们，要想获得更加精细的功能脑区，就需要根据功能激活图，选取ROI。
ROI的功能一致性
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利用FSL选取FFA
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通过手画ROI的操作，我们会发现过程中主要有两个问题
画笔的大小不容易选取，很难准确的只把激活区画上；
如果要画多个ROI，我们需要自己记住各个ROI的编号，画ROI时容易用错标记值。
如何改进当前的工作流程
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