文档介绍：PDB数据库简介
PDB数据库简介
生物数据库的种类
PDB数据库简介
生物数据库的种类
序列数据库
核酸序列数据库 (EMBL、GenBank、DDBJ)
常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR)
结构数据库
蛋白质结构数据库( PDB )
蛋白质分类数据库(SCOP、CATH )
其它数据库
PDB数据库简介
Protein Data Bank
蛋白质结构数据库
PDB数据库简介
一、基本概况
美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Date Bank)。
PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织 (Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB) 负责。
PDB数据库简介
1、数据
来源 主要通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。
主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。
信息 原子的空间坐标、引用文献、形成α-helix和β-sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的ligand、参与生化功能的residue等。
PDB数据库简介
2、数据结构
结构记录
名称、参考文献、
序列、一级结构、
二级结构和原子坐
标等信息。
显式序列
信息
隐式序列
信息
以关键字SEQRES
作为显式序列标
记，以该关键字
打头的每一行都
是关于序列的信
息。
即为立体化学
数据，包括每
个原子的名称
和原子的三维
坐标。
PDB数据库简介
3、数据查询
PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成，如1LDM。
PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。
是pdb文件在数据库中的编号,
从PDB数据库下载结构常会得
到一个以这个编号命名的
pdb文件，
PDB数据库简介
二、简单使用
搜索栏
高级搜索
PDB数据库简介
搜索到408条结果
精化搜索结果
检索CDK2
PDB数据库简介