文档介绍：Gromacs中文教程（II ）:结果分析
淮海一粟
MD结果分析
模拟结束后，就可以分析数据了。分析包括三个阶段。首先，有必要对模拟 的质量进行检查，如果检查结果表明模拟良好，那么就可利用该模拟对所研究的 问题作出回答；最后，不同的模拟结果可以合并。
注：文件名应该反映文件内容，这根据你的模拟系统不同而不同。 这里我们 假定使用默认文件名，那么就会产生以下文件：
? :模拟开始时包含完整系统描述的输入文件；
? :结构稳健，包含最后一步的坐标和速度；
? :全部精确轨迹，包括位置、速度和随时间变化的力
? :压缩的轨迹文件，只包含低精度（ nm）的坐标信息；
? :随时间变化的有关能量数据
? :模拟过程的日志
附注：。这些文件能用xmgr或xmgrace查 看，。
先检查一下结果
在开始分析前，要确定模拟是否正确地完成。有很多原因会导致模拟中断， 尤其是与力场和系统平衡不充分引起的问题。 为了检查模拟是否正确完成，运行
gmxcheck 程序：
看看是否执行了 10纳秒的模拟
==Q== How many frames are in the trajectory file and what is the time resolution? ( T )
另一个重要的信息源是日志文件。在文件
数据；包括内存和CPU的使用情况和模拟时间。看看日志文件的末尾，使用‘less' 命令时，你可以用‘G'(shift-g)命令，跳到文件末尾。
==Q== How long did the simulation run in real time (hours), what was the simulation speed (ns/day) and how many years would the simulation take to reach a second? ( T ) ==q== Which contribution to the potential energy accounts for most of the calculations?
结果可视化
好玩的环节开始了。虽然很多分析都能归结为从轨迹文件中提取图像， MD
当然首先要关注系统的移动。来看看轨迹文件。
首先用gromacs提供的查看器ngmx来看看。虽然该软件的完善程度和视觉 效果不及其他查看器，但它能够在拓扑文件信息的基础上画出键。 其他查看器可
能隐含远程键，这可能导致这些键被认为太长而不画出， 或者会在非常接近的原 子之间画出键。这是对模拟结果分析的一个常见错误源。使用 ngmx载入拓扑和 轨迹文件：
看看程序菜单，试试不同的选项。播放动画。观看过程通过右边的选项控制 右击或左击选择选项来改变查看。
==q== What happens if the protein diffuses over the boundary of the box?
为了视觉美观，我们将从轨迹文件中提取1000帧(-dt 10)并忽略水分子(当 软件询问时，选择Protein )。而且，我们还将忽略边界的跨越，作出连续轨迹 (-pbc nojump)。为了做这些工作，我们使用瑞士***般的gromacs工具trjconv , 该工具有1001个选项组合。我们用它写出一个多模型的 pdb文件，从而能在
Pymol中观看。
在Pymol中提取轨迹文件:
当所有的帧装入完毕，播放动画
动画播放时，其他控制键仍在运行，可以用鼠标旋转、放大或缩小图像，也 可以改变分子外观。
如果没错的话，你现在能看到蛋白质扩散、翻转跳跃。但我们对内部运动更 感兴趣，而不是总体行为。在Pymol中，你能使用命令intra_fit 将其他所有帧 与第一帧对齐。随后，你可以用定向工具设定蛋白质中心：
现在，所有的帧应该都对齐了，你可以看到蛋白质的哪一部分移动得更厉害 这些差异将在以后定量分析。
当然，在cartoon模式下，蛋白质看起来更舒服，试试这个命令:
，你可能会看到碳骨架是个粗管状,
而看不到正确的二级结构。Pymol可以自动计算蛋白质的二级结构，但只计算一 帧，并将其映射到其它的帧。例如，下述命令可以计算第一帧的二级结构：
通过设定状态，用于计算的帧可以改变:
最后，同时查看所有帧并检查蛋白质的柔性和