文档介绍：Maxquant使用说明
Maxquant使用说明
Maxquant使用说明
Suｍmary
该总结文件包含了所有在Maxquant运行当中所有原始数据文件的信息
名称
分隔
描述说明
Ｒaｗ ｆｉlｅ
原始数据的处理加工
Enｚyme
用于消化蛋白样品的蛋白水解酶
Eｎｚｙｍe mode
同上
Ｅnzyme ｆｉｒｓｔ sｅａrch
用于fｉrｓｔ ｓｅarch的蛋白水解酶
Ｅｎzyme ｍoｄｅ ｆirｓｔ searcｈ
同上
Use enzｙｍｅ fiｒｓt sｅａrｃh
当有不同的蛋白酶用于设置fｉrst ｓeａrｃh时,标记为“+”
Variable ｍｏｄｉfｉcationｓ
（翻译为可变修饰)用于多肽鉴定当中的可变修饰
Mulｔi mｏｄifｉｃationｓ
多重修饰用于鉴定多肽当中
Variable modiｆiｃaｔions ｆirst sｅａrｃｈ
在ｆｉｒｓt sｅａｒcｈ当中的可变修饰
Usｅ variａblｅ ｍodifｉｃaｔionｓ firsｔ ｓeａrch
当有不同的可变修饰用于设置firsｔ searｃh时，标记为“+”
Reｑuａntifｙ
用在鉴定当中的标签的数量（例如同位素标签,这里应该特质同位素标签)的数量
Mｕltｉplicity
同上
Maｘ。 misｓeｄ cleavages
允许最大的漏切数量
Lａbｅｌs０
用于标签实验当中的标签,其中，0为轻标，1为中标,２为重标
Maxquant使用说明
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LC—ＭS run ｔｙｐe
ＬC-ＭＳ运行的模式，当用于数据依赖性的传统的鸟枪法来做蛋白质组学时,设置为“ｓｔａｎdａｒd”(标准模式）
Tiｍe－ｄeｐｅｎｄenｔ ｒｅcａliｂrａtｉon
时间依赖性的再校准：当出现该校准时,数据框内标记为“+”，时间依赖性的校准用于提高数据的质量
MS
在原始数据当中的ＭＳ1记录的数据量
MS/MS
在原始数据当中的MＳ2记录的数据量
MS3
在原始数据当中的MＳ３记录的数据量
MＳ／MS subｍitted
用于软件分析的串联的ＭＳ的数量 这里所说的串联质谱可以认为是二级质朴
MS／MS suｂmitted (SIL)
用于软件分析的串联的ＭS的数量,这里检测的是作为标记簇(重标组，labeliｎｇ cｌusｔｅr)的母离子被检测。
MS/MS suｂmｉtｔeｄ (ISO）
用于软件分析的串联的MＳ的数量,这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。
Maxquant使用说明
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MS/MＳ suｂｍｉtｔｅｄ (PEAK)
用于软件分析的串联的ＭS的数量,这里检测的是作为单个峰(sinｇｌｅ pｅａｋ，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测．
ＭＳ/MS idｅntｉfied
鉴定到的串联质谱数的总数量
ＭS/ＭS iｄenｔifieｄ (ＳIL)
鉴定到的串联质谱数的总数量,这里检测的是作为标记簇(重标组，lab