文档介绍：NCBI-SRA 数据提交流程 提交数据数据基本流程:1, 注册 NCBI 账号; 2, 登陆提交界面后, 我们需要获取 BioSample ID ; 3, 然后在获得 BioProject ID ; 4, BioProject 和 BioSample 创建完成后, 再到 SRA 的网页, 点击“ Create new Submission ”, 并完成信息填写;5, 完成 4 步骤后, 网页上 NCB I 会给出一个登陆 FTP 的账号和网址链接;6 ,登陆后用账号可直接上传( 复制粘贴), 或用软件 FileZ illa 上传; 7, 上传后会生成相应的编号,供发文章使用。(上传数据请理清思路) 附:上传的数据格式是根据测序平台不同而不同, 文件格式( Illumina_native 、 bam 、 fastq 、 srf) 都可以的。创建好后, NCBI 会提供数据上传的 FTP 的账号,压缩后上传到 FTP 。至于文章中的 sra 格式,是我们将数据上传后, NCBI 数据库压缩的的格式。整理数据、生成 MD5 校验( a) 交付的结果中, raw reads 或 clean reads 序列文件( *. )是可以直接提交 SRA 的数据。在交付结果中找到对应文件,无需解压,即可直接上传。(b) 如果数据交付时您有保留有对应文件的 MD5 校验和的话可以直接使用。如果没有保存 MD5 码可上网下载任意的 MD5 校验工具,重新生成一下 MD5 值。(c)一定要明白该数据的测序策略,不同的测序方法, 数据的格式和填写的类容是不一样的,这需要先了解好,生物信息学知识百度提前补。 1、注册 NCBI 账号登入 NCBI 主页右上角 S ign in to ncbi 注册( .gov/ ) NCBI 主页 2、开始注册: 1,B ioSample 的注册登陆后:进入提交界面, 点击提交 S ubmit ( / ) 点击 N ew submission 后按照提示填写完相应的信息,成功后会生成 B ioSample 号。 2,B ioProjiect 的注册点击 N ew submission 后按照提示填写完相应的信息,成功后会生成 B ioSample 号。按照提示填写 2, SRA 的注册, 关联 BioSample,BioProjiect ( / ) 在返回到 NCBI 主页中点击 submit 后界面如下点击红色框全出来的地方即可进入,下面界面点击 Home 即可进入下面界面点击 SRA , 界面如下完成信息填写: 点击 SRA 即进入下面页面, 创建一个新的 submission 点击 C reate New submission , 填写信息填写好后, 点击保存, 进入下面界面, 点击 N ew Experiment 用已将上面创建好的 BioProject 、 BioSample 关联进来点击 N ew Experiment 的界面,填写信息后保存,进入下一个界面 3、数据上传到这里,我们网页上的填写信息就完成了。利用 NCBI 中给的网址链接, 账号和密码, 我们就可以直接登录 NCBI 。方法一: (该方法简单,但传输较慢) 打开我的电脑复制 FTP 网址进入,如图: 回车后界面( 下面这真的是 NCBI 服务器的界面, 如果你用过你们学校的服务器资源, FTP 应该知道) 然后右键选择登录: 在里面输入 NCBI 给的账号和密码就可以进入 NCBI 服务器, 即可打开远程 FTP 站点, 将需要上传的文件复制粘贴或者拖入其中即可开始上传。为了与其他提交者的文件进行区分,建议您在上传前,在该远程 FTP 站点上首先新建一个文件夹, 并以区别于其他提交者的方式命名( 建议使用 BioProject 编号命名), 然后打开该文件夹,将数据上传到其中( Ctrl +C 和 Ctrl+V )。方法二: (软件: F ileZilla ) 安装后打开的界面: 本地站点为你的电脑,远程找点为服务器可视化界面主机: NCBI 给你的 FTP 链接, 账号: sra 密码: NCBI 给端口: FTP 数据传输默认为 21