用R语言包从EBI的arrayexpress数据库里面下载芯片数据 生信菜鸟团.doc

文档介绍：用R语言包从EBI的arrayexpress数据库里面下载芯片数据 生信菜鸟团
这个包跟GEOquery区别不是很大，只不过一个是正对NCBI的GEO数据库，一个是针对EBI的arrayexpress数据库，只有对写自动化脚本的人来说才有需求，一般个人分析者都是自己去数据库主页里面查找，然后拿到下载链接，一个个下载。从EBI的arrayexpress数据库里面下载芯片数据：主页： to 2016-3-1 11:41:2763890 experiments1912744 TB of archived data 数据量还是蛮大的所有的data，都可以在ftp服务器里面下载：ftp://。也可以用一个R语言包：ArrayExpress R package说明书；：，那个时候R语言用的人很少，这个简单的包都可以发文章，现在看来简直不可思议！其实大部分数据都是跟GEO数据库对应的：比如-GEOD-55645/ 对应于：GEO – GSE55645比如对NASH表达数据查找：?query=NASH++expression 30条结果里面只有4条是arrayexpress数据库独有的！source(““)biocLite(“ArrayExpress”)libra