文档介绍：（Excellent handout training template）
一份分子动力学模拟资源lammps+MS适合初学者
0、分子动力学介绍
分子动力学的原理&步骤
原理：多体问题的严格求解，需要建立并求解体系的薛定谔方程，根据波恩-奥本海默近似，原子核的运动可以用经典动力学方法处理
薛定谔方程 牛顿运动方程（简化计算）
步骤
建立一个由N 个粒子（分子）组成的模型体系
解N 个粒子（分子）组成的模型体系的牛顿运动方程直至平衡
平衡后，进行材料性能的计算，对模拟结果进行分析
分子动力学方法工作框图
分子动力学运行流程图
进行分子动力学运算的几个必备步骤：
首先建立计算模型
设定计算模型的初始坐标和初始速度
选定合适的时间步长
选取合适的原子间相互作用势函数，便于进行力的计算
选择合适的算法、边界条件和外界条件
计算
对计算数据进行统计处理
1、建模练****br/>软件materials stuidio
Fe晶体练****br/>H2O练****br/>Fe-H2O-Fe练****br/>1、建模练****br/>软件lammps编程
create_atoms 1 single # 在该位置插入一个原子
min_style sd # 能量最小化模式，sd
minimize -12 -12 1000 1000 # 能量最小化参数，指数越大最小化程度越深
print "interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $E"
fix 1 all nvt 100 100 100 drag # nvt 系综，原子数、体积和温度保持不变;T=100K
timestep # 步长
run 1000 # 运行 1000 步
print "nvt performed, temperature up: $N atoms, total energy is $E"
fix 1 all nvt 100 100 drag # nvt 系综，温度由100K
run 1000 # 运行 1000 步
print "nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $E"
compute 3 all pe/atom # 计算每个原子的势能
compute 4 all ke/atom # 计算每个原子的动能
compute 5 all coord/atom # 计算每个原子的近邻原子数
#dump 1 all custom 1 id xs ys zs c_3 c_4 c_5 #
dump 1 all custom 1 id xs ys zs c_3 c_4 c_5
min_style sd
minimize -12 -12 10000 10000 # 再次能量最小化
units metal # 单位为lammps 中的metel 类型
boundary p p p # 周期性边界条件
atom_style atomic # 原子模式
lattice fcc # Cu
region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小
create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子
create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子
pair_style eam # 选取 Cu 的EAM 势作为模型
pair_coeff * * # EAM 势文件名称
run 0 # 运行0 步，仅为启动lammps 的热力学数据计算
variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势能
variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统总原子数