文档介绍：单核苷酸多态性检测技术内容简介 1 SNP 概念 2 SNP 特点 3 SNP 检测技术 4实验 SNP 的概念??单核苷酸多态性单核苷酸多态性(Single Nucleotide (Single Nucleotide Polymorphism Polymorphism , , SNP) SNP) ,指由于单个核苷酸碱基,指由于单个核苷酸碱基的的改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象,即酸序列一致而只有一个碱基不同的现象,即 SNP SNP 。。??它包括单碱基的转换它包括单碱基的转换, , 颠换、颠换、插入及缺失等插入及缺失等形式形式 SNP 在基因组内的形式: ?一是遍布于基因组的大量单碱基变异; ?二是分布在基因编码区(coding region) , 称其为 cSNP ,属功能性突变。 SNP 在单个基因或整个基因组的分布是不均匀的: (1)非转录序列要多于转录序列(2)在转录区非同义突变的频率, 比其他方式突变的频率低得多。 SNP 的特点?在遗传学分析中, SNP 作为一类遗传标记得以广泛应用, 主要源于这几个特点: ( (1 1)密度高)密度高 SNP SNP 在人类基因组的平均密度在人类基因组的平均密度估计估计为为 1\1000 bp , 1\1000 bp , 在整个基因组的分布达在整个基因组的分布达 3 3× × 10 10 6 6个个, , 遗传距离为遗传距离为 2 2~ ~ 3cM , 3cM , 密度比微卫星标记更高密度比微卫星标记更高, , 可以可以在任何一个待研究基因的内部或附近提供一系在任何一个待研究基因的内部或附近提供一系列标列标记。记。( (2 2)富有代表性)富有代表性某些位于基因内部的某些位于基因内部的 SNP SNP 有可有可能直接影响蛋白质结构或表达水平能直接影响蛋白质结构或表达水平, , 因此因此, , 它们它们可能代可能代表疾病遗传机理中的某些作用因素。表疾病遗传机理中的某些作用因素。 SNP 的特点(3)遗传稳定性与微卫星等重复序列多与微卫星等重复序列多态性标态性标记相比记相比, SNP , SNP 具有更高的遗传稳定性。具有更高的遗传稳定性。( (4 4)易实现分析的自动化)易实现分析的自动化 SNP SNP 标记在人标记在人群中群中只有两种等位型只有两种等位型(allele) (allele) 。这样在检测时只需一。这样在检测时只需一个个““ + \- + \- ””或或““全全\ \无无””的方式,而无须象检测限制的方式,而无须象检测限制性片性片段长度多态性,微卫星那样对片段的长度作段长度多态性,微卫星那样对片段的长度作出测出测量,这使得基于量,这使得基于 SNP SNP 的检测分析方法易实现的检测分析方法易实现自动自动化。化。一、 SNPs 经典检测方法?一大类是以凝胶电泳为基础的传统经典的检测方法,如: 1 . 限制性片段长度多态性法 PCR- RFLP ; 2 . 单链构象多态性法 PCR- SSCP ; 3 . 变性梯度凝胶电泳 ( dena t ur i ng gradient gel eletrophoresi s DGGE ); 4 . 等位基因特异性 PCR ( allele specific PCR, ASPCR ) 等等 PCR-RFLP 方法原理: 原理: 利用限制性内切酶的酶切位点的特异利用限制性内切酶的酶切位点的特异性, 性, 用两种或两种以上的限制性内切酶作用于同一用两种或两种以上的限制性内切酶作用于同一 DNA DNA 片片断,如果存在断,如果存在 SNP SNP 位点,酶切片断的长度和数位点,酶切片断的长度和数量则会量则会出现差异,根据电泳的结果就可以判断是否出现差异,根据电泳的结果就可以判断是否 SNP SNP 位位点。点。特点: 特点: 该技术应用的前提是该技术应用的前提是 SNP SNP 的位点必须的位点必须含有该含有该限制内切酶的识别位点,它是限制内切酶的识别位点,它是 SNP SNP 筛查中最经筛查中最经典的典的方法之一方法之一. . PCR-RFLP 原理图单链构象多态性(SSCP) 原理: 原理: 单链单链 DNA DNA 在中性条件下会形成二级结构, 在中性条件下会形成二级结构, 不同的不同的二级结构在电泳中会出现不同的迁移率。这种二级二级结构在电泳中会出现不同的迁移率。这种二级结构依赖结构依赖于碱基的组成,单个碱基的改变也会影响其