文档介绍：文章编号:16712 1114 (2006 )022 00262 04 利用生物信息学资源设计简并引物收稿日期:20052 082 25 基金项目:国家重大基础理论研究专项基金项目(00200 );天津市科委重点基金项目(023804111 );天津市高等学校科技发展基金项目(012 20712 ) 第一作者:王少峡(1979- ),男,河北省邯郸人,:植物抗性细胞分子生物学通讯作者:王振英(1963- ),女,天津市人,教授,博士. 王少峡,陈***,张竞秋,王振英(天津师范大学化学与生命科学学院,天津 300074 ) 摘要:根据已知序列设计简并引物以分离基因家族内的其他新成员,:利用在线服务滚动式搜索家族所有成员序列;对家族成员序列进行多序列对比;确定合适的保守区域;利用专业软件设计引物;并对引物进行修饰等. 关键词:生物信息学;简并引物;基因家族中图分类号:Q2 31 文献标识码:A DesigningtheDegeneratePrimerswithBioinformaticsResource WANGShao2 xia,CHENLi2 yuan,ZHANGJing2 qiu,WANGZhen2 ying (CollegeofChemistryandLifeScience,TianjinNormalUniversity,Tianjin300074,China ) Abstract:ordingtoknownsequencestoamplify primerswiththebioinformaticsresourceissystemicallyintroducedinthispaper:searchingforall sequencemembersofthefamilycyclicallybytheon2 ;doingmultiplese2 quencesalignments;ascertainingtheappropriateconservativeregion;designingtheprimerswith theprofessionalsoftwares;embellishingtheprimersandsoon. Keywords:bioinformatics;degenerateprimers;genefamily 近年来,以三大生物信息中心兴起为标志的生物信息学的迅速发展,为生物学研究提供了有力的分析工具[1-4],这三大生物信息学中心是美国国立生物信息中心(NCBI,. gov/,即 Genbank )、日本 DNA数据库(DDBJ,ht2 tp://.jp/ )和欧洲生物信息学研究所(EBI,/ ).生物信息学在基因序列注释和解密生物芯片技术所得到的高通量数据、发现新基因等生物学的诸多研究领域都起到了不可替代的作用[5-8]. 随着越来越多的基因被克隆测序,人们发现几乎所有基因都与其他基因有一定的联系,许多功能相近、