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在自然界里，水草原生的原生地“河川或湖泊”，时时都有新的水流入，水草利用水中含有的 CO2，与从太阳光的能量来行光合作用；根从土壤中吸收由微生物分解的有机物，另外叶子从水中吸收营养素，如此可有效抑制河川与湖泊的营养化。还有自然界中有无数的原生动物和微生物存在，可将有机物、浮游物有效分解，而净化了水质，如前所述，自然界本身就有一个平衡的生态系，具备水质净化的系统.
但是在水族箱来说，是一个完全封闭的世界，不具备自然界良好的条件，因此在之中种植水草，非得人为添加CO2设置，多的灯光与完整的过滤设备不可。在此之中过滤装置于有限的水量，扮演一个维持平稳生态系重要角色。
如果鱼缸中的鱼与草的数量少时，其实使用何种过滤效果都差不多，但一般水草缸都希望有密植的水草，尤其是较矮的水草更需要有充足的光量，因此必须有充分置放灯具的空间，另外水草也需要充足CO2，故溶入水中的CO2要尽量避免逸散，根据以上的需求来定出过滤器所需的条件：
有充分放置照明设备的空间；<
CO2不易逸散、
维持长期的高过滤能力。
现流行的几种过滤设备进行对比
上部过滤
因设置于鱼缸上部，照明设备所能放置的空间减少（特别是萤光灯具），如果水草密植要考虑到光量不足的现象，在过滤器的构造上，水通过过滤槽时会与空气接触，如此CO2也会随之逸散到空气中
优点：
因为是装置在鱼缸上部，故在清洁保养上非常方便
在构造上容易将CO2逸散，对于养鱼来说非常适合。<
缺点：
在构造上CO2与空气接触面积大，易逸散掉；、
在照明设备的放置空间会受限，不适合水草的培育。
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底部过滤
底部过滤底床内会产生水流，使水中与底床几乎无温度差，另外又能补充底床氧气，对于水草而言，理论上是很适合，但是水的净化是利用底砂作为过滤器，水必须通过砂的间隙，而水草的根也是利用砂的间隙成长，如果水草长的非常茂密时根的丛生也是必然，因而砂粒间水的通路变少，过滤的效果会随之降低，故用于希望长期维持的水景是不适用的
优点
底床内会产生水流，底床与水中的温度差变小；<
可供应底床微生物较多的氧气，有益微生物繁衍。<
缺点：
底床面水草生长茂盛时，草根易将砂隙阻塞，故不易长期维持水质稳定
底肥易流失，在水草缸不适合使用。<
内部过滤
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因设置于鱼缸内部，因此过滤槽不会太大，过滤能力会受限，还有在观瞻上也有影响
优点：
有充分放置照明设备的空间；<
CO2不易逸散；
底床也没问题，又有水流，符合种植水草的条件。
缺点：<
设置于鱼缸内部，水草栽种空间受限；
会影响到整体的美观。
外部过滤桶
可于鱼缸上部充分设置照明设备；
水草生长所需CO2不易逸散；
过滤槽的能力较强
缺点：
水温易受外面气温影响。
以上三个优点刚好符合上述水草需要条件，故水草缸以密闭式外部过滤为最适合。<
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滤材的介绍
使用密闭式外部过滤，在过滤桶内会有许多滤材，滤材本身大约具备“物理过滤”、“化学过滤”和“生物过滤”三种功能
物理过滤 主要是使用网状物，与羊毛，将水中较大的杂物除去。
化学过滤 利用活性碳吸附，除去导致水混浊的有机物与鱼的排泄物.
生物过滤