文档介绍：关于蛋白质序列分析
第一页，本课件共有70页
蛋白质序列结构信息
蛋白质序列的基本性质分析
结构域分析及motif搜索
蛋白质二级结构
蛋白质三级结构
蛋白质序列分析
第二页，本课件共有70页
一 、蛋白质序列的基本性质分析
理化性质分析
疏水性分析
跨膜区分析
信号肽预测
Coil区分析
亚细胞定位
蛋白质序列分析
第三页，本课件共有70页
蛋白质理化性质分析
Protparam 工具
计算以下物理化学性质：
相对分子质量 理论 pI 值
氨基酸组成 原子组成
消光系数 半衰期
不稳定系数 脂肪系数
总平均亲水性
蛋白质序列分析
第四页，本课件共有70页
主要选项/参数
序列在线提交形式：
如果分析SWISS-PORT和TrEMBL数据库中序列
直接填写Swiss-Prot/TrEMBL AC号(accession number)
如果分析新序列：
直接在搜索框中粘贴氨基酸序列
蛋白质序列分析
输入Swiss-Prot/TrEMBL AC号
，
将一条蛋白质序列
粘贴在搜索框中
第五页，本课件共有70页
输入Swiss-Prot/TrEMBL AC号—分不同的功能域肽段
输出结果
功能域
用户自定义区段
蛋白质序列分析
第六页，本课件共有70页
点击不同功能域或是以直接粘贴氨基酸序列的方式得到以下结果
蛋白质序列分析
氨基酸数目
相对分子质量
理论 pI 值
氨基酸组成
原子组成
分子式
总原子数
第七页，本课件共有70页
消光系数
半衰期
不稳定系数
脂肪系数
总平均亲水性
蛋白质序列分析
第八页，本课件共有70页
ProtScale工具
氨基酸标度
表示氨基酸在某种实验状态下相对其他氨基酸在某些性质的差异，如疏水性、亲水性等
收集50多个文献中提供的氨基酸标度
默认值为Hphob. Kyte & Doolittle，做疏水性分析
蛋白质疏水性分析
蛋白质序列分析
第九页，本课件共有70页
20种氨基酸的疏水K-D标度
氨基酸
K-D标度
氨基酸
K-D标度
Ile (I)
Trp (W)
-
Val (V)
Tyr (Y)
-
Leu (L)
Pro (P)
-
Phe (F)
His (H)
-
Cys (C)
Asn (N)
-
Met (M)
Asp (D)
-
Ala (A)
Gln (Q)
-
Gly (G)
-
Glu (E)
-
Thr (T)
-
Lys (K)
-
Ser (S)
-
Arg (R)
-
第十页，本课件共有70页