文档介绍：关于蛋白质分析与蛋白质组学
第一页，本课件共有70页
蛋白质组(proteome) 源于蛋白质(protein)与基因组(genome)两个字的结合，意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”，即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。
蛋白质组学(proteomics)，是以细胞内全部蛋白质的存在及其活动方式作为研究对象，注重研究参与特定生理或病理状态的所有蛋白质种类及其与周围环境（分子）的关系。
第一节 引 言
第二页，本课件共有70页
蛋白质组学研究的策略：
蛋白质组学研究试图比较细胞在不同生理或病理条件下蛋白质表达的异同，对相关蛋白质进行分类和鉴定，并分析蛋白质间的相互作用和功能。
一种称为“竭泽法”，即采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质。
另一种策略称为“功能法”，即研究不同时期细胞蛋白质组成的变化，如蛋白质在不同环境下的差异表达，以发现有差异的蛋白质种类为主要目标。
第三页，本课件共有70页
蛋白质组学的研究范围：
一种是“完全”蛋白质组学或表达蛋白质组学(expression proteomics)，主要分析构成蛋白质组蛋白质的种类和数量，并以此来探讨细胞、组织、个体或特定状态的特征。
另一种是“差异”蛋白质组学或功能蛋白质组学，主要筛选和鉴定不同种类或状态下各样品间蛋白质组的区别与变化，通过分析蛋白质组中构成蛋白质间相互作用及细胞内功能单位，解析蛋白质组与细胞功能之间的相关性。
第四页，本课件共有70页
功能蛋白质组学（functional proteomics）”
研究细胞或个体在某一特定时间所表达或与某个功能相关的蛋白质集合体。
功能蛋白质组学能够在细胞和生命有机体的整体水平上阐明生命现象的本质和活动规律。
功能蛋白质组学的研究可为食品改造、疫苗开发和生物制药等提供重要依据。
功能蛋白质组学已成为后基因组的重要组成部分。
第五页，本课件共有70页
主要研究内容：
蛋白质组的组成成分，即蛋白质组的表达模式(expression profile)
蛋白质翻译后修饰
蛋白质-蛋白质相互作用
第六页，本课件共有70页
一、 蛋白质的指纹特征
二、蛋白质的定位、修饰
三、蛋白质分析软件与数据库
第二节 蛋白质分析方法
第七页，本课件共有70页
一、蛋白质的指纹特征
蛋白质的指纹即肽质量指纹谱具有特征性
由于每种蛋白质的氨基酸序列（一级结构）都不同，蛋白质被识别特异酶切位点的蛋白酶水解后，产生的肽片段序列也各不相同，其肽混合物质量数亦具有特征性，称为肽质量指纹谱（peptide mass fingerprinting，PMF），即蛋白质的指纹特征。
第八页，本课件共有70页
一、蛋白质的指纹特征
2. 肽质量指纹谱是鉴定蛋白质的常用参数
质谱指纹分析需要经过蛋白质原位酶解（包括蛋白质凝胶的脱色、还原和烷基化、酶解、萃取及合并萃取液冻干后进行质谱分析）、MALDI-TOF肽质量指纹图测定（包括蛋白样品脱盐及制备、质谱仪进行肽质量指纹图测定）及蛋白质鉴定数据库搜寻等三个步骤。
第九页，本课件共有70页
一、蛋白质的指纹特征
3. 肽质量指纹谱可用作其他测定参数
测定不同物种间的保留特性，从而推断分子的功能。由生物多样性和进化上远离引起的氨基酸残基取代，显示了蛋白中的特征功能区。
在一个蛋白消解物中，用来检测在化学或酶处理前后的“非匹配”（即和预测片段不符）的肽，从而表征蛋白的修饰。
第十页，本课件共有70页