文档介绍：基因组测序、组装与分析总结 Public Library of
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获取基因组大小
杂合度估计
问题的，某些物种取样本身就
是一个挑战的问题。
基因组测序用的样品最好是来自于同一个个体，这样可以降
低个体间的杂和对组装的影响。大片段对此无要求。
测序策略的选择
一般都是用不同梯度的插入片段来测序，小片段
（200,500,800 ）和大片段 （ 1k, 2kb 5kb 10kb 20kb 40kb ）。
如果是杂合度高和重复序列较多的物种，可能要采取
fosmid-by-fosmid 或者 fosmid pooling 的策略。
不言而喻，后者花费是相当高的。
基因组组装
组装相关综述：
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Baker, M. (2012). "De novo genome assembly: what every
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推荐）
Compeau, P. E., et al. (2011). "How to apply de Bruijn graphs to genome assembly." Nat Biotechnol 29(11):
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Birney, E. (2011). "Assemblies: the good, the bad, the
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纠错软件：
Kelley, D. R., M. C. Schatz, et al. (2010). "Quake: quality-aware detection and correction of sequencing errors." Genome Biol 11(11): R116.
组装软件比较
Salzberg, S. L., A. M. Phillippy, et al. (2012). "GAGE: A critical evaluation of genom