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详细案情是施工合同中约定“本合同在履行过程中发生争议时，双方应本着公允、合理的原则，刚好协商处理。
协商不成的，可以提请北京仲裁委员会仲裁。”针对施工过程中的经费不足，垫资解决对外欠款的问题，双方通过补充协议，约定“履行过程中双方发生争议应协商解决，协商不成的任何一方可向人民法院提起诉讼。” 就补充协议的约定能否变更施工合同的仲裁条款效力问题，法院认为，施工合同是就工程而签订的，约定的是工程施工过程中双方的权利义务，包括价款、质量、进度、验收等问题。
补充协议是为解决在施工过程中发生的对外欠款而签订的，补充协议与施工合同指向的对象、约定的内容、双方的权利义务关系完全不同……补充协议的内容并未变更施工合同中约定的工程价款的数额和支付对象，对施工合同中的权利义务没有进行变更。
故因施工合同发生的纠纷依旧适用施工合同的约定，不适用补充协议的约定。
由此可见，法院在审理效力及于问题前，通常会先推断两份合同的关系，主要是补充协议与原合同的关系，最终再看仲裁条款是否被变更。
3、原合同仲裁条款为或裁或审条款，补充协议约定有效的仲裁条款，该仲裁协议是否能及于原合同? 在一起案件中，租赁合同第十二条约定，“双方在本合同履行中发生争议，应当刚好协商解决;协商不成时，双方可向当地仲裁机构申请仲裁或者向人民法院起诉”。
《补充协议》第六条约定：“对《租赁合同》第十二条的补充：如双方发生争议，应友好协商;协商不成的，双方均有权提请北京仲裁委员会依照该会的仲裁规则进行仲裁”。
当双方当事人对补充协议约定的仲裁条款效力产生争吵时，法院认为：
第一，《补充协议》签署于《租赁合同》之后，《补充协议》第六条是对《租赁合同》第十二条内容的整体补充，而非部分补充。
《租赁合同》第十二条是对争议解决方式的选择，而《补充协议》第六条是对《租赁合同》第十二条争议解决方式的补充和进一步明确，是双方当事人对争议解决方式协商调整后达成的新的最终合意，即选择仲裁为解决争议的方式。
其次，双方在《租赁合同》第十二条约定的争议解决方式中既选择了仲裁，又选择了诉讼，约定不明确，为无效仲裁条款;而双方在《补充协议》第六条中解除了诉讼，特别明确地选择了争议解决方式为仲裁。
第三，双方在《补充协议》第六条中约定“如双方发生争议，应友好协商;协商不成的，双方均有权提请北京仲裁委员会依照该会的仲裁规则进行仲裁”。
上述约定，有恳求仲裁的真实意思表示和明确的仲裁事项以及选定的仲裁委员会，符合《中华人民共和国仲裁法》第十六条规定的“仲裁协议应当具有的内容，……”，故上述约定合法有效，是双方当事人对《租赁合同》及其《补充协议》项下可能发生的纠纷约定的解决方式。 法院在对认定过程进行考察时，首先仍是推断原合同与补充协议的关系，从补充协议的名称、鉴于条款/前言、签署时间先后、约定内容与原合同关系方面切入。
在确定两者之间关系后，再推断补充协议构成对原合同争议解决方式的补充和进一步明确，是否是双方达成的新的最终合意。
进而得出补充协议中有效的仲裁条款治愈了原合同的无效仲裁条款的结论，最终判定补充协议仲裁条款合法有效，是双方当事人对原合同及其《补充协议》项下可能发生的纠纷约定的解决方式。