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虽然工程计量计价软件目前运用广泛，计算错误也越来越少，但是在对工程变更进行审核时，依旧能发觉很多计算错误。这些错误有的是造价文件编制人员无心的疏忽，有的却错的很“惊奇”。例如，在某绿化工程中，，但在工程结算价
款的计算页上，该减项金额却变成正数增加到工程结算总价中，一负一正之间，结算价就增加了近二十万元。
(二)建设单位对工程变更管理限制不严，工程变更签证不符合要求。
建设单位出于种种缘由对于施工过程中发生的工程变更管理还不是很严格，这主要体现在以下几个方面：
工程变更签证是工程变更发生、施工延期、合同价款增加的书面证明文件，它具有较强的时效性。建设单位送审的签证中有许多都是在竣工结算时补办的，有的甚至在工程竣工验收一两年后建设单位才签字，这些签证都属于无效签证。《建设工程价款结算暂行方法》财建
[2004]369号文第九条和第十条明确规定了工程变更报告及确认的时限，但是许多建设单位并没有依据这些规定对工程变更进行有效地管理。还有一些无效签证没有相关单位和人员的签字盖章，只有施工单位和监理单位的签字和盖章。
工程施工过程中，许多工程变更的发生并不是设计变更，与建设单位也没有关系，此类变更建设单位也盲目给与签证，并没有参照合同文件的相关规定执行。例如，某绿化工程中，施工单位提出增加排水费17万元，理由是雨季降水量很大，施工场地低洼，排水沟无法自然排水。此变更签证得到了建设单位的同意，但是该工程的合同及招标文件规定：因施工填土后场地低洼引起的排水费含在投标报价内，以后不予调整。
在送审的变更签证中常常会出现变更事项与工程无任何关系的状况，一般为建设单位让施工单位垫付的与该项工程无关的费用，或将工程外的零星工作交给施工单位完成。例如，某办公楼配套绿化工程中，有一份关于房建工程晒图费的工程变更签证引起了审计人员的留意，经了解，原来是绿化施工单位帮忙垫付的办公楼工程图纸费。
(三)竣工图编制不合格，竣工结算资料不齐全
竣工图是对工程施工的记录，其中包括了工程变更，反映了工程最终的设计和施工方法。竣工图编制问题主要体现在这几个方面：把施工图干脆作为竣工图，并没有将工程变更的内容添加到施工图中;竣工图没有盖章，或有施工单位的签字，但没有监理工程师的签字。此外，竣工结算书往往缺少某些资料，如商务标、工程量清单、材料或设备选购 的合格证及交接验收资料、竣工验收报告等。
(四)结算时工程尚未完工或未竣工验收
《建设工程价款结算暂行方法》第十四条规定：“ 工程完工后，双方应根据约定的合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项，进行工程竣工结算。” 目前，仍有少数工程在尚未全部完工或未竣工验收时即报送工程结算资料。
二、工程竣工结算审计需遵循肯定程序
审计人员实施建设工程竣工结算审计，需制定一套程序，