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文档介绍

文档介绍:-
. z.
字符集合
只是一些非控制型 z.
记录类型 说明
ANISOU 温度因子
ATOM 标准基因的原子坐标
CISPEP 顺势残基
CONECT 有关记录
DBREF 其他序列库的有关记录
HELI* 螺旋
HET 非标准残基
HETSYM 非标准残基的同义字
HYDBND 氢键
LINK 残基间化学键
MODRES 对标准残基的修饰
MTRI*n 显示非晶相对称
REVDAT 修订日期及相关内容
SEQADV PDB与其它记录的出入
SEQRES 残基序列
SHEET 片层
SIGATM 标准差
SIGUIJ 温度因子
SITE 特性位点
SLTBRG 盐桥
SSBOND 二硫键
TURN 转折
TVECT 转换因子
Multiple Continued
在记录中概念性的出现屡次,:
记录类型 说明
FORMUL 非标准残基化学式
HETATM 非标准集团原子坐标
HETNAM 非标准残基的化学名称
Grouping
有三种记录类型用来聚合其他记录. 按字母顺序列出如下:
-
. z.
记录类型 说明
ENDMDL 亚基完毕
MODEL 多亚基时,示亚基号
TER 链末端
MODEL/ENDMDL 记录包围着 ATOM, HETATM, SIGATM, ANISOU, SIGUIJ,和 TER 记录. TER 记录预示链的末端.
Other
:
记录类型 说明
JRNL 发表坐标集的文献
REMARK 注解
记录的表示                            
PDB数据库中的数据都应按照一定的规定来出现,强制记录类型必须出现在所有的记录中,当强制数据没有提供,记录名必须出现在记录中并以NULL表示当此条件存在时选择项表就变成强制记录类型。以下表格是对这两种类型的具体划分和描述:
记录类型 
说明
变为强制的条件
HEADER 
强制
OBSLTE
可选
个别记录中强制
TITLE 
强制
CAVEAT 
可选
该记录中有错误
PND 
强制
SOURCE 
强制
KEYWDS 
强制
E*PDA 
强制
AUTHOR 
强制
REVDAT 
强制
SPRSDE 
可选
在被替代的记录中
JRNL 
可选
出版物描述了该试验
REMARK 1 
可选
出版物描述了该试验
REMARK 2
强制
REMARK 3
强制
REMARK N
可选
一定条件下强制,如记录在备注描述
DBREF 
可选
每个缩氨酸链的长度大于十个残基并且核酸记录存在于核算蛋白库中〔NDB〕
-
. z.
SEQADV 
可选
有序列冲突
SEQRES 
可选
ATOM记录存在
MODRES 
可选
有修饰存在
HET 
可选
有不标准的残基除了水分子
HETNAM 
可选
有不标准的残基除了水分子
HETSYN 
可选
FORMUL 
可选
有不标准的残基或水
HELI*
可选
SHEET 
可选
TURN
可选
SSBOND 
可选
有二硫键存在
LINK 
可选
HYDBND
可选
SLTBRG 
可选
CISPEP 
可选
SITE 
可选
CRYST1 
强制
ORIG*1 ORIG*2 ORI