文档介绍：word
word
1 / 10
word
LAMMPS手册-中文解析
简介
本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。
什么是LAMMPS?
LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的
从文件中读入各个原子的坐标
在一个或多个晶格中创建原子
删除几何或逻辑原子基团
复制已存在的原子多次
替换原子
系综，约束条件，边界条件：
（命令：fix）
二维和三维体系
正角或非正角模拟空间
常NVE，NVT，NPT，NPH积分器
原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器
有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）
模拟合子的变形（扭曲与剪切）
简谐（unbrella）束缚力
刚体约束
摇摆键与键角约束
各种边界环境
非平行太分子动力学NEMD
各种附加边界条件和约束
积分器：
Velocity-verlet积分器
Brown积分器
rRESPA继承时间延化积分器
刚体积分器
共轭梯度或最束下降算法能量最小化器
输出：
（命令：dump, restart）
热力学信息日志
原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件
二进制重启文件
各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等
用户自定义系统宽度或各原子的计算信息
每个原子的时间与空间平均
系统宽量的时间平均
原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式
word
word
5 / 10
word
数据的前处理与后处理：
包里提供了一系列的前处理与后处理工具
另外，, 它可以进行LAMMPS模拟的设置，分析，作图和可视化工作。
特别功能：
实时的可视化与交互式MD模拟
与有限元方法结合进行原子-连续体模拟
在POEMS库中提供了刚体积分工具
并行裉火
并行复制动力学
对低密度液体直接使用MC模拟
Peridynamic介观建模
目标型与无目标型分子动力学
双温度电子模型
LAMMPS不具备的功能：
由于LAMMPS是对牛顿运动方程积分的工具，所以很多必要的数据前处理与后处理功能是LAMMPS核心不具备的。其原因为：
保证LAMMPS的小巧性
前处理与后处理不能进行并行运算
这些功能可以有其它工具来完成
原代码开发的局限性
特别地，LAMMPS不能：
通过图形用户界面来工作
创建分子体系
自动的加上力场系数
为MD模拟提供智能化的数据分析
MD的可视化
为输出数据作图
我们需要为LAMMPS输入一系列的原子类型，原子坐标，分子拓朴信息和所有原子与键的力场参数。LAMMPS不会自动的为我们创建分子体系与力场参数。
对与原子体系，LAMMPS提供了creat-atoms命令来为固态晶格加上原子。可以能过pair coeff,bond coeff, angle coeff等命来加上小数目的力场参数。对于分子体系或更复杂的模拟体系，我们通常会用其它工具来创建或者是转换LAMMPS输出文件来做到这些事情。有的还会写一些自已的代码来完成这项任务。
对于一个复杂的分子体系（如，蛋白质），我们需要为之提供上面个拓朴信息与力场参数。所以我们建议用CHARMM