单核苷酸多态性snp检测技术.ppt

文档介绍：单核苷酸多态性检测单核苷酸多态性检测技术技术内容简介内容简介1SNP 概念2SNP 特点3SNP 检测技术4实验SNP SNP 的概念的概念??单核苷酸多态性单核苷酸多态性(Single Nucleotide (Single Nucleotide PolymorphismPolymorphism,,SNP)SNP),指由于单个核苷酸碱基,指由于单个核苷酸碱基的的改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象,即酸序列一致而只有一个碱基不同的现象,即SNPSNP。。??它包括单碱基的转换它包括单碱基的转换, , 颠换、颠换、插入及缺失等插入及缺失等形式形式SNPSNP在基因组内的形式在基因组内的形式::??一是遍布于基因组的大量单碱基变异一是遍布于基因组的大量单碱基变异; ; ??二是分布在基因编码区二是分布在基因编码区(coding region) , (coding region) , 称其称其为为cSNPcSNP,属功能性突变。,属功能性突变。SNPSNP在单个基因或整个基因组的分布是不均在单个基因或整个基因组的分布是不均匀的:匀的:((11))非转录序列非转录序列要多于要多于转录序列转录序列((22)在转录区)在转录区非同义突变非同义突变的频率的频率, , 比比其他方其他方式突变式突变的频率低得多。的频率低得多。SNP SNP 的特点的特点??在遗传学分析中在遗传学分析中, SNP , SNP 作为一类遗传标记得以作为一类遗传标记得以广泛广泛应用应用, , 主要源于这几个特点主要源于这几个特点: : ((11)密度高)密度高SNPSNP在人类基因组的平均密度在人类基因组的平均密度估计估计为为1\1000 bp , 1\1000 bp , 在整个基因组的分布达在整个基因组的分布达33××101066个个, , 遗传距离为遗传距离为22~~3cM , 3cM , 密度比微卫星标记更高密度比微卫星标记更高, , 可以可以在任何一个待研究基因的内部或附近提供一系在任何一个待研究基因的内部或附近提供一系列标列标记。记。((22)富有代表性)富有代表性某些位于基因内部的某些位于基因内部的SNP SNP 有可有可能直接影响蛋白质结构或表达水平能直接影响蛋白质结构或表达水平, , 因此因此, , 它们它们可能代可能代表疾病遗传机理中的某些作用因素。表疾病遗传机理中的某些作用因素。SNP SNP 的特点的特点((33)遗传稳定性)遗传稳定性与微卫星等重复序列多与微卫星等重复序列多态性标态性标记相比记相比, SNP , SNP 具有更高的遗传稳定性。具有更高的遗传稳定性。((44)易实现分析的自动化)易实现分析的自动化SNPSNP标记在人标记在人群中群中只有两种等位型只有两种等位型(allele) (allele) 。这样在检测时只需一。这样在检测时只需一个个““+ \- + \- ””或或““全全\\无无””的方式,而无须象检测限制的方式,而无须象检测限制性片性片段长度多态性,微卫星那样对片段的长度作段长度多态性,微卫星那样对片段的长度作出测出测量,这使得基于量,这使得基于SNPSNP的检测分析方法易实现的检测分析方法易实现自动自动化。化。一、一、SNPsSNPs经典检测方法经典检测方法??一大类是以凝胶电泳为基础的传统经典的一大类是以凝胶电泳为基础的传统经典的检测方法检测方法,,如如: : 1 . 1 . 限制性片段长度多态性法限制性片段长度多态性法PCR- RFLP ; PCR- RFLP ; 2 . 2 .单链构象多态性法单链构象多态性法PCR- SSCP ; PCR- SSCP ; 3 . 3 . 变性梯度凝胶电泳变性梯度凝胶电泳( dena t ur i ng gradient ( dena t ur i ng gradient gel eletrophoresi s DGGE );gel eletrophoresi s DGGE ); 4 . 4 .等位基因特异性等位基因特异性PCR ( allele specific PCR, PCR ( allele specific PCR, ASPCR )ASPCR )等等等等PCR-RFLPPCR-RFLP方法方法原理:原理:利用限制性内切酶的酶切位点的特异利用限制性内切酶的酶切位点的特异性,性,用两种或两种以上的限制性内切酶作用于同一用两种或两种以上的限制性内切酶作用于同一DNADN***片断,如果存在断,如果存在SNPSNP位点,酶切片断的长度和数位点,酶切片断的长度和数量则会量则