文档介绍：技术指标参数及要求
货物名称
技术指标参数及要求
数量
备注
1
应用范围（或用途）： 。
2
配置（或系统组成）
软件
方式提交并完成计算任务，包括基于
CHARMm力
场的柔性对接工具
CDOCKER。提供该模块 1个使用许可。
* Biopolymer
：蛋白质、肽类和核酸结构搭建、修
改和分析的工具，包括著名的静电分布计算工具
DelPhi 以
及基本的 X-Ray工具。提供该模块 1个使用许可。
* Protein Refine
：针对 MODELER的模建结果，基于
CHARMm进行蛋白质氨基酸侧链和 loop 区的优化，提高模建
结果的合理性。提供该模块
1个使用许可。
Analysis
：动力学计算结果图形分析工具，能够分
析和显示蛋白质、蛋白质与配体复合物的分子动力学轨迹
文件。提供该模块 1个使用许可。
Catalyst Score ：化合物和药效团叠合并打分，为
结构修饰和改造提供信息。提供该模块个使用许可。
Catalyst Conformation ：多样、完全且快速的构
想模型生成工具，可产生化合物的多构象模型，可选择采
用 Polling 或 CAESAR算法，也可采用系统搜索或随机方法生成构象。提供该模块 1个使用许可。
QUANTUMm： QM/MM计算工具，结合 CHARMm和DMol3的
功能完成受体 - 配体结合能计算。提供该模块 1个使用许可。
DMol3 Molecular ：密度泛函量子力学计算工具，
精选
计算分子中与电子相关的描述符。提供该模块 1个使用许可。
MMFF ： Merck力场，来自于从头算和实验数据的第
二类力场，专门为准确处理构象能和非键相互作用。提供
该模块 1个使用许可。
提供基于受体结构的小分子设计工具包，主要功能包括：
* CFF：ClassII
力场，可优化 DNA、 RNA、糖类、脂质、
蛋白、多肽及小分子模型的高级力场参数。提供该模块
1个
使用许可。
De Novo Evolution：基于 Ludi 产生全新的小分子或
对已有母核进行侧基改造。提供该模块
1个使用许可。
Flexible Docking
：融合了蛋白侧链优化、
Hotspot
对接方法、 配体多构象生成等多种方法，
使用经典的 CHARMm
力场进行柔性对接的工具。提供该模块
1个使用许可。
DS Libdock ：将柔性配体快速对接到受体相互作用
热区 (Hotspot) 的对接工具。提供该模块
1个使用许可。
LUD