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学术史上的贡献是不行磨灭的。其最重要的成就是《尚书古文疏证》，他潜心探讨《古文尚书》三十余年，撰成《尚书古文疏证》八卷，引经据典，确定《古文尚书》为东晋梅赜所伪著。黄宗羲、纪昀、钱大昕、梁启超、胡适等学者皆以为伪古文《尚书》的定案实归功于若璩。他的学术反对派汪中亦将阎氏列为国朝六儒(顾炎武、胡渭、梅文鼎、阎若璩、惠栋、戴震)之一。梁启超说阎若璩不能不认为近三百年学术解放之第一功臣。《四库全书总目提要》赞扬他：引经据古，一一陈其冲突之故，古文之伪乃大明，反复厘剔之，祛千古之大疑，考证之学，则固未之或先矣。除《尚书古文疏证》外，阎氏另著有《四书释地》、《四书释地续》、《四书释地又续》、《四书释地余论》、《潜丘札记》、《重校困学纪闻》、《朱子尚书古文疑》、《孟子生卒年月考》、《眷西堂古文百篇》等。
《潜邱札记》是作者早年读书笔记的汇编，初末成书，由后人搜辑整理成编。首二卷杂记读书时考论，多案而未断，卷三为地理余论，因为对于《禹贡》山川及《四书》中地名的考证已详见于若璩所撰《古文尚书疏证》及《四书释地》中，此拾其遗，故曰《余论》。卷四上为杂录序跋、杂文，下为《丧服翼注》、《补正日知录》。卷五为据若璩手迹接连编成，皆若璩与人答论经史书录之作。卷六为诗赋。此书对于经学、史学、地理等各方面的问题均有考证。其中如援据《礼》经论列丧、祭礼仪以及考证方舆等沿讹袭谬之说尤为详备。又为《补正日知录》五十余则，顾炎武《日知录》为开清代考据学风的大作，若璩首为补正，以订其讹，又开后世探讨《日知录》之先声，对清代考据学的发展也有很大影响。《四库全书总目》谓若璩记诵之博，考核之精，国初实罕其伦匹。虽以顾炎武学有本原，《日知录》一书亦颇经其驳正，则其它可勿论也。
《潜邱札记》传本有二，一为乾隆十年(1745)阎若璩之孙阎学林眷西堂刊本;一为乾隆五十七年吴玉捂删定的潜德堂刊本《别本潜邱札记》。通行本有《四库全书》本、《皇清经解》本。
今有：《潜邱札记》商务印书馆1981年版;《潜邱札记》上海古籍出版社，四库笔记小说丛书，1992年版;
《池北偶谈》
清代历史琐闻类掌故笔记，二十六卷，王士祯撰。王士祯简介见中国古代文学要籍简介(二)诗文别集《带经堂集》。著有笔记多部，有《池北偶谈》、《居易录》、《香祖笔记》、《古夫于亭杂录》等，其中以《池北偶谈》最为闻名。
《池北偶谈》又名《石帆亭纪谈》，据王士祯自序称，他所居住的宅西有圃，圃中有地，地北有屋数椽，有书数千卷度置其中，因而取白居易《池北书库》之意，将本书取名《池北偶谈》。又因为书库旁有石帆亭，王士祯时常和来宾在亭内聚谈，或争论文章的流别，或解晰经史的疑义，以至国家典故、历代沿革、名臣硕儒的言行、神怪传闻等等，由儿辈记录整理，并增益他在京二十年间的见闻，编次而成，所以又名《石帆亭纪谈》。
《池北偶谈》是清代闻名笔记之一，以谈文艺、掌故为主，偶及考辨，间杂大量神怪故事，带有较浓的小说色调，部分内容由作者儿辈记录整理而成。全书共二十六卷，近一千三百条，分成四目：一，谈故：记叙清代典章与科甲制度、衣冠胜事等;二，谈献，主要记叙明中叶至清初名臣、畸人、烈女等事;三，谈艺，评论诗文，采撷佳句;四，谈异，记叙神怪传闻故事。在全书的四目中，以前三目内容最具参考价值。如谈故中翰林卿寺属条，记清初太仆寺增设满洲员外郎及翰林院起居注舘增设满洲主事、中书舍人员额的状况;八旗开科、台湾开科、满洲乡试等条，记顺治、康熙时乡会试制度的若干状况;巡方条可藉以了解清初任命巡按的制度;殉葬条记清初八旗用仆妾殉葬的旧俗，可以和《清通礼》、《清通典》等典籍参证补充。谈献中的记傅山父子故事和明崇祯时五十个宰相的