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VASP使用手册.docx

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VASP使用手册.docx

上传人:wz_198613 2022/3/28 文件大小:33 KB

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VASP使用手册.docx

文档介绍

文档介绍:VASP使用手册
(完善中)
基础(前提)知识
Linux系统文字界面的基础操作
*会进一个特定的目录下,学会建立,删除,移动,复制目录和文件,掌握vim文字处理程序(可以理解成Windows下的文本文档(*.txt),但是功能更强VASP使用手册
(完善中)
基础(前提)知识
Linux系统文字界面的基础操作
*会进一个特定的目录下,学会建立,删除,移动,复制目录和文件,掌握vim文字处理程序(可以理解成Windows下的文本文档(*.txt),但是功能更强,可以在里面编辑脚本程序,fortran或者C语言程序)建议参见网页 里面的内容非常详尽还有很多例子,看时建议抓住重点看
关于origin(用来画DOS图)和VESTA(用来显示几何结构和电子结构)都非常容易学,会基本操作就可,遇到问题可以上网查查或与同学交流
在Linux系统下计算软件VASP的使用
建好5个输入文件(POSCAR, INCAR, POTCAR, KPOINTS, 一个提交文件)
POSCAR
手动建立,vi POSCAR…..
还可以在MS的帮助下建立
INCAR
咱们组有公用标准的INCAR文件,进行不同的计算只需改其中的几个参数就可以了
POTCAR
从cluster上的某个目录下面拷贝过来,放到要计算的目录里
如果要算多个元素的体系,使用命令
Eg: cat POTCAR-Ni POTCAR-Pt > POTCAR
4, KPOINTS文件,从别处拷贝一个,修改里面的参数即可
5,提交文件都可以用现成的,在老节点上(node1~node21)
新节点上使用yzx8vasp (记不清了,用绿衬底标出)
在服务器上编译vasp,一般管理员或别的用户以及编译过了,本平台编译好的目录在/public/home/zslu/my-soft/vas或,编译使用的mpi可能不同。将上面目录下的可执行文件vasp拷贝到用户工作目录下或者在作业提交脚本里通过目录找到可执行文件vasp。
提交任务
使用命令
qsub 或者 qsub yzx8vasp
之后会自动产生例如的字样,这个8026表示的就是你提交的这个任务的任务号码
查看任务
qstat –a 或qstat -n
一般只需要看3列
第一列:任务序号
第二列:使用者账户
最后一列:计算消耗的时间
杀某一个任务
由于任务提错了或别的原因,不想要算某一个任务了。杀死(删除)这个任务使用命令:eg : qdel 8024 意思为删除任务号为8024的任务
提取有用信息
任务结束后,任务序列号就会消失,这时进入计算的目录
可以删除的文件,计算完成后
有用的文件为(OUTCAR,CONTCAR,CHG,OSZCAR,DOSCAR)
1.在OUTCAR中看费米能级
grep “Fermi ” OUTCAR 最后一个结果就是
2.CHG是用来看电荷密度图的
将CHG下载到电脑上,放到VESTA中看电荷密度图
3.CONTCAR放到VESTA中看几何结构图
4.从OSCAR中可以快速的查