文档介绍：Arlequin的使用说明
Arlequin功能的概述
Molecular diversity—分子多态性
Mismatch distribution—错配分布
Hapl
点击Browse ,选择要分析的数据，如下列图
点击翻开如下列图
点击project wizard 进行设置，这里面数据的设置，可以通过view project 翻开的文本格式来作为参考，进行设置
点击view project 出现的文本格式中包含了所要设置的数据的情况
设置后，出现如下的数据：
点击Start ,就会进行分析，将会得到一系列的结果。出现的结果在一个与原来的文件名相同的文件夹，运行的结果是Html文件。
AMOVA,是指对分子差异性的分析。它通过对所研究居群进行不同层次的归类和划分，可界定不同的遗传结构并进行统计学检验，从而估计出群体间、群体内以及个体间不同层次所表现出的差异占总变异的多少，这种方法可以讨论不同海拔高度、不同语系、以及地理群体间是否存在相应的遗传变异。
Locus by locus AMOVA 每个基因单独进行分子差异性的分析
Include in individual level for genotypic data 包括个体间金银分歧度协方差组成和相关的固定指数。它计算出的是观察到的基因间的差异。
Number of permutations 用来检测方差组成和固定指数的置换数的值，如果数值是0那么不会有任何检测结果。
Compute minimum spanning network among haplotype 利用分子差异计算并绘制单倍型之间的系统树。
Genetic strcture中的population comparision选项，会出现如下的界面
Population comparation 计算人群之间不相似指数〔遗传距离〕的大小，如Fst〔短片段的基因的遗传距离〕和Nei’s〔人群之间和人群内部的平均背对差异〕。
Computation of Fst：计算所有配对人群的Fst值。
Renyolds’s distance：计算Renyolds’s等线性化的Fst，这适合于分歧时间较短的样本。
Slatkin’s distance：计算源于配对间的Fst的Slatkin’s遗传距离。
Pairwise difference：计算Nei’人群内部和人群之间的平均配对差异数。
Compute relative populations：计算所有背对人群之间的相对人群大小，也可以计算人群之间的分析时间。
出现的几个界面的设置
Configuration
Project wizard
Import—export
Structure editor
Arlequin setting
Arlequin configuration
ELB setting
AMOVA setting
LD setting
Neutrality test
Output
Input文件的建立：
[Profile]
Title="An example of DNA sequence date"
NbSamples=29
GenotypicData=0
MissingData="?"
DataType=DNA
LocusSeparator=NONE
[Data]
[[Samples]]
SampleName= "DC1"
SampleSize= 5
SampleData={
Hap7 1 G--TGAAC---TCGAT--AC--------G---T--TG--A-
Hap10 1 G--TGAAC---TC-AT--AC--------G---T---TG-A-
Hap20 3 G--TGA--AC-TC-AT--AC---------G--T---TG-A-
}
SampleName= "LH1"
SampleSize= 5
SampleData={
H