文档介绍：关于药物生物信息学
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第一节 药物生物信息学概论
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一、概念
生物信息学随着人类基因组计划的全面开展和深入而出现的一门新兴的学科
2004年2月已经有170多个生物的基因同一条见下进行的
常见的芯片有基因芯片和蛋白质芯片
基因芯片应用在新药研究中，据计算，传统的药物筛选方法每个样本需要花4美元，而用芯片技术只需要花40美分
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基因芯片测序原理
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Heller用基因芯片来检测类风湿关节炎病理组织和正常组织基因表达的差异
发现了已知的100多个与类风湿关节炎致病有关的基因表达差异
发现编码IL-6和另外几个金属蛋白酶（包括金属弹性蛋白酶）的基因表达得到增强
弹性蛋白酶可以破坏胶原纤维和组织基底膜层，就为治疗该病提供了新的药物靶标
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第二节 核酸序列数据库
Genbank、EMBL和DDBJ是国际上三大主要核酸序列数据库
目前这三个数据中心各自收集世界各国有关实验室和测序机构发布的序列数据
通过计算机网络每天都将新发现的或更新过的数据进行交换，以保证这三个数据库序列信息的完整性
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一、Genbank
Genbank数据库是20世纪80年代初由美国国家健康研究院（NIH）委托洛斯阿拉莫斯（Los Alomos）国家实验室建立
后移交给国家生物技术信息中心（NCBI），隶属于NIH下设的国家医学图书馆（NLM）
NCBI的网址为：
Genbank的网址为：
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Genban库里的数据来源于约130，000个物种，其中56％是人类的基因组序列
每条Genbank数据记录包含了对序列的简要描述、它的科学命名、物种分类名称、参考文献、序列特征表以及序列本身
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二、EMBL
EMBL是欧洲分子生物学实验室在1982年开始创建
目前有欧洲生物信息学研究所管理（EBI）
其网址为：./embl
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EMBL和Genbank无论是序列的本身，还是对序列的注释，两者的内容完全相同，只是格式有所区别而已，因此进行数据库检索时，只须检索一个即可
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第三节 基因组与功能基因组数据库
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随着许多生物的基因组被测序，特别是人类基因组计划的完成后，科学家们已经开始研究功能基因组学
在mRNA水平上观察基因表达的图谱（转录组）和蛋白质水平观察基因表达的图谱（蛋白质组）
基因组与功能基因组数据库也就开始建立
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一、GDB
由美国Johns Hopkins大学于1990建立，是重要的人类基因组数据库，现在由加拿大儿童医院生物信息中心负责管理，网址为：
GDB数据库用表格的方式给出基因结构数据库，包括基因单位、PCR位点、细胞遗传标记、重复片段等
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二、Unigene
人类基因组中的序列只有3％可以编码蛋白质，因此转录图谱可以把基因组中能够编码的部分集中起来，因此是一种重要的数据资源
Unigene是通过计算机程序对Genbank中的数据进行适当的处理，以便研究基因的转录图谱。其网址为：
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三、SGD
酵母基因组数据库，是已完成基因组测序的啤酒酵母基因组数据库
网址：
http://genome-
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四、TDB
包括DNA和蛋白质序列、基因表达、细胞功能以及蛋白质家族信息等。并收录人、植物、微生物等分类信息
网址为：
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五、AceDB
线虫基因组数据库
网址为：
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六、dbEST
是EST数据库
网址是：
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七、TRANSFAC
关于转录因子及其结合位点的数据库
网址为：
第三十二页，讲稿共七十页哦
八、TRRD
真核生物转录调控数据库
网址：
第三十三页，讲稿共七十页哦
九、 COMP