文档介绍：单核苷酸多态性SNP检测技术
PCR-RFLP方法
原理：利用限制性内切酶的酶切位点的特异性，
用两种或两种以上的限制性内切酶作用于同一DN***
断，如果存在SNP位点，酶切片断的长度和数量则会
出现差异，根据电泳的结果就可以判断是单核苷酸多态性SNP检测技术
PCR-RFLP方法
原理：利用限制性内切酶的酶切位点的特异性，
用两种或两种以上的限制性内切酶作用于同一DN***
断，如果存在SNP位点，酶切片断的长度和数量则会
出现差异，根据电泳的结果就可以判断是否SNP位
点。
特点：该技术应用的前提是SNP的位点必须含有该
限制内切酶的识别位点，它是SNP筛查中最经典的
方法之一.
PCR-RFLP原理图
单链构象多态性(SSCP)
原理：单链DNA 在中性条件下会形成二级结构，不同的
二级结构在电泳中会出现不同的迁移率。这种二级结构依赖
于碱基的组成，单个碱基的改变也会影响其构象，最终会导
致在凝胶上迁移速度的改变。
在非变性聚丙烯酰***凝胶上，短的单链 DNA 和RNA 分
子依其单碱基序列的不同而形成不同的构象，这样在凝胶上
的迁移速率不同，出现不同的条带，检测SNP。
特点：由于该方法简单快速，因而被广泛运用于未知基因突变的检测。这种方法的弊端在于不能确定突变类型和具体位置。
变性梯度凝胶电泳（DGGE）
原理：是利用长度相同的双链 DN***段解链温
度不同的原理,通过梯度变性胶将 DN***段分开
的电泳技术。
电泳开始时,DNA 在胶中的迁移速率仅与分
子大小有关, 而一旦DNA 泳动到某一点时, 即到
达该DNA 变性浓度位置时, 使得DNA 双链开始
分开,从而大大降低了迁移速率。当迁移阻力与电
场力平衡时, DNA 片段在凝胶中基本停止迁移。
由于不同的DNA 片段的碱基组成有差异, 使得其
变性条件产生差异, 从而在凝胶上形成不同的条
带。
等位基因特异 PCR ( AS-PCR)
原理：根据 SNP位点设计特异引物,其中一条链(特
异链)的3′末端与 SNP位点的碱基互补(或相同) ,
另一条链(普通链)按常规方法进行设计,因此,AS-
PCR技术是一种基于SNP的PCR标记。因为特异引
物在一种基因型中有扩增产物,在另一种基因型中没
有扩增产物,用凝胶电泳就能够很容易地分辨出扩增
产物的有无,从而确定基因型的 SNP。
SNPs高通量的检测方法
另一大类检测方法是近些年来发展起来的, 高通
量、 自动化程度较高的检测 SNPs的方法,较为常用
的有:
1 . DNA测序法;
2 . DNA芯片检测;
3 . 飞行质谱仪 (MALDI- TOFMS )检测;
4 . 变性高效液相色谱 ( DH PLC )法等等
DNA测序法
直接测序是最容易实施的SNP检测方法。
原理: 通过对不同个体同一基因或基因片段进行测
序和序列比较, 以确定所研究的碱基是否变异, 其检
出率可达100%。
特点：可以得到SNP 的类型及其准确位置等SNP分
型所需要的重要参数。
基因芯片技术( Genechips)
原理:是将具有特定碱基序列的探针固定在特殊的
载体上，待测基因经提取、荧光标记后，与固定好
的探针进行杂交，最后根据荧光的强度和种类测出
待测序列的碱基类别。
特点：基因芯片具有信息量大和自动化程度高的
突出优点。但它也存在若干问题: 芯片造价高昂, 所
需设备贵重, 不利于普及应用。
MALDI-TOF
原理：是将变性的单链PCR产物通过与硅芯片上
的化合物共价结合后, 在硅芯片上进行引物的退火,
延伸反应, 突变部位配对的碱基与正常配对的碱基
不相同。根据引物在延伸反应中所结合的不同碱基
的不同质量在质谱仪上显示不同峰而检测SNP。
变性高效液相色谱( DHPLC)
原理：目标核酸片段PCR扩增，部分加热变性后，含有突变
碱基的DNA序列由于错配碱基与正常碱基不能配对而形成异
源双链。因包含错配碱基的杂合异源双链区比完全配对的同
源配对区和固定相的亲和力弱，更易被从分离柱上洗脱下来,
从而达到分离的目的。SNPs的有无最终表现为色谱峰的峰
形或数目差异,依据此现象可很容易从色谱图中判断出突变的
碱基。
特点：使用高效液相色谱检测SNPs具有检测效率高，便于自动化的优点，对未知SNPs的准确率可达95%以上。但DHPLC检测对所用试剂和环境要求较高,容易产生误差, 不能检测出纯合突变。
MassARRAY
SNP分型的方法多种多样，MassARRAY分子量阵列技术
是Sequenom公司推出的