文档介绍：基因组与蛋白质组
6. 延伸5秒，连接成约130bp的双链标签。
7. PCR扩增。
8. 用Nla Ⅲ酶切130bp产物释放34bp双链标签。
9. 连接片断形成串联体。
10. 克隆到pZErO-1+里，并测序。
S源、质量分析器、离子检测器和数据分析系统组成。
质谱技术在蛋白组研究中的应用：
A 肽质谱和肽序列分析
蛋白质经双向电泳后，分离到的蛋白质被切割下来，进行胶内酶解，或转移到PVDF膜上，进行膜上膜解，然后上样进行测序。
但目前质谱法还不能够取代Edman降解法测序，可是其测定速度较快。
B 鉴定翻译后修饰的蛋白质
质谱可通过特征离子监测的方法很快确定磷酸化肽，通过串联质谱确定磷酸化位点；
质谱可与蛋白酶解和糖苷酶酶解结合，寻找糖肽，鉴定糖基化位点；
质谱还参与糖链组成、结构甚至分支情况等的分析。
C 质谱技术的其他作用
质谱可对蛋白质二硫键进行定量和定位，分析蛋白质与蛋白质的相互作用，蛋白质与其他分子的相互作用，以及蛋白质的二级结构等。
数据库的建立是蛋白质组研究的最重要的一个方面。
蛋白质的数据库包括：
蛋白质序列数据库
质谱数据库
双向电泳图谱数据库
有关蛋白质结构的数据库
与疾病相关蛋白质研究的基本策略
蛋白质组研究的目的
建立蛋白质互作网络
为人们了解生物体的各个生长、发育期的各个蛋白质有机组成、协作，更完整的解释各种生命现象奠定基础
促进人类疾病的治疗
本章要点
已知一个DNA片段，如何预测其开放读码框?
RACE技术的基本原理是什么?
动物园杂交的原理
基因剔除法
RNAi的作用原理及应用
酵母双列杂交的原理
SAGE 的基本原理及技术路线
什么是蛋白质组、蛋白质组学，以及蛋白质组的研究目的和意义？
第三章 物理作图(physical mapping)
物理作图:
应用分子生物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基因组的实际位置
物理图的距离:
依作图方法而异,辐射杂种作图的计算单位为厘镭(cR);限制性片段作图与克隆作图的图距单位为碱基对(bp)
物理作图的方法
限制酶作图(Restriction Mapping)
依靠克隆的基因组作图(clone-based mapping)
荧光原位杂交(Fish, Fluorescent in situ hybridization)
序标位作图 (STS，Sequence taged site)
1. 限制性作图
它是将限制性酶切位点标定在DNA分子的相对位置.
其只能应用于较小的DNA分子,其上限取决于作图分子中限制酶位点的频率.
通常采用的6碱基对识别顺序的限制酶仅适合50Kb以下DNA分子的精确作图.
限制酶作图(Restriction Mapping)基本原理
1Kb
EcoR I
待检的DNA
BamHI
15Kb
6Kb
5Kb
10Kb
9Kb
E
B
B
H
H
E
H
H
H
H
E+B
E
B
6Kb
E
H
4Kb
E
B
5Kb
B
H
跨叠克隆群(Contig)
酶切位点
限制酶作图的改进
脉冲凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis)
稀有切点限制图绘制
稀有切点限制图绘制注意事项:
识别顺序越长产生的片段越大;
识别位点碱基的组成影响限制性片段的大小;
如人类基因组A/T比例接近60/%,选用高比例A/T位点限制酶,产生的片段多于高比例G/C识别位点酶
有些限制酶识别位点较长
如酵母的Ⅰ-Sce识别顺序为18bp,
如果高等真核生物基因组中无此序列,可通过转座子转座和噬菌体转导的方法将其引入代测基因组中.
基因组DNA 的甲基化状态
如人类活细胞基因组中大量5’-CG-3’顺序的胞嘧啶被甲基化,使许多含有5’-CG-3’顺序的内切酶很少找到可切位点.
大片段DNA的克隆载体
YAC: 酵母人工染色体 230-1700Kb
BAC: 细菌人工染色体 300Kb
PAC: P1人工染色体 300Kb
Fosmids: 30Kb
2. 基于克隆的基因组作图
重叠群组建
重叠群:相互重叠的D