文档介绍：形象化基因组序列分析系统
本文工作主要是从复杂调控子序列研究的现状出发，在调控因子结合位点发现的前人工作基础上，开发一个友好的图形化系统，提供一个可视化的平台，简化调控模块研究的工作。
利用该系统可以直观的对用户希望研究的目标模块态性等众多特点,在保留这些优点的基础上, 又具有动态联编的特性, 更能发挥出面向对象的优势。JAVA取消了C++中的多继承机制，取而代之的是简单的借口概念，元类模型，反射机制和对象序列化特性，使得JAVA更加容易实现持久对象和GUI构建器。
可移植性：这是最吸引人的地方。由于它采用先编译成中间码（字节码）, 然后装载与校验, 再解释成不同的机器码来执行, 即“虚拟机”的思想。屏蔽了具体的平台环境, 特性要求,使得只要能支持虚拟机, 就可运行各种程序。
多线程：程序设计者可以分别用不同的线程完成特定的行为, 而不需要采用全局的事件循环机制, 这样就很容易实现网络上实时的交互行为。
选择JAVA作为开发语言主要是因为它与平台无关的特特性，并且需要时可以发将其布成为applet互联网应用程序，用户可以直接通过浏览器进行使用。
eclipse开发环境
Eclipse 是一个开放源代码的、基于Java的可扩展开发平台。能大大加速开发过程。
JAVA可视化组件AWT和Swing
抽象窗口工具包AWT (Abstract Window Toolkit) 是 API为Java 程序提供的建立图形用户界面GUI (Graphics User Interface)工具集，AWT可用于Java的applet和applications中。
，这即为基本的java程序的GUI设计工具。主要包括下述三个概念：组件（Component），容器（Container），布局管理器（LayoutManager）。
AWT是最原始的 Java GUI 工具包。AWT 的主要优点是，它在 Java 技术的每个版本上都成为了一种标准配置，包括早期的 Web 浏览器中的 Java 实现；另外它也非常稳定。这意味着我们不需要单独安装这个工具包，在任何一个 Java 运行环境中都可以使用它，这一点正是我们所希望的特性。
AWT设计的初衷是支持开发小应用程序的简单用户界面。例如AWT缺少剪贴板、打印支持、键盘导航等特性，而且原来的AWT甚至不包括弹出式菜单或滚动窗格等基本元素。
随着发展的需要，在AWT的基础上Swing出现。
Swing是由100%纯Java实现的，Swing组件是用Java实现的轻量级（ light-weight）组件，没有本地代码，不依赖操作系统的支持，这是它与AWT组件的最大区别。由于AWT组件通过与具体平台相关的对等类（Peer）实现，因此Swing比AWT组件具有更强的实用性。Swing在不同的平台上表现一致，并且有能力提供本地窗口系统不支持的其它特性。
Swing使得程序在一个平台上运行时能够有不同的外观。用户可以选择自己****惯的外观。
下一代的GUI组件也已经出现比如SWT（Standard Widget Toolkit），与 AWT 和 Swing 不同，SWT并不是 Java 技术的标准配置。它们必须单独进行安装。
GRMF开发
参照一般的软件开发流程，GRMF的开发主要经过了：需求分析-概要设计-详细设计-编码-测试等几个阶段。由于缺乏开发经验，上述每一个过程都经历了较多学的学****和尝试。最终GRMF以一个小型工具软件的形式出现，基本功能得以实现。
参数文件格式
最终参数文件参照工作组先前的文件定制，包括了四个部分：
（1）文件头（File head）
（2）状态（States）
（3）转移（Transition）
（4）状态模型（Models for states）
GRMF的需求分析
目标：
GRMF现阶段的基本需求就是以形象化互动的方式进行复杂调控子序列的构建，完成后进行参数输入，最后根据构建好的模型输出参数文件。软件最终的运行方式拟定为PC上运用软件，而且尽量保证其可扩展性，例如，必要时可发布为web应用形式。
用户特点
GRMF的可能用户为生物信息研究人员，该用户群一般对软件的界面要求不高，但是在对已筛选数据的详细深入的专门分析一个实用的软件能避免过多只是基于数字和代码的工作，而能更好的考虑其生物学意义；另一类潜在用户为从基因水平对病人进行诊断的医生，他们需要对可能的致病的调控机理进行建模，快速判断其致病机理，以便进行针对性治疗。该类用户倾向于使用界面友好的软件。
性能要求
GRMF还未与该项目上级项目的其他功能