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VASP使用手册.docx

上传人:玥玥 2022/4/22 文件大小:17 KB

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VASP使用手册.docx

文档介绍

文档介绍:VASP 使用手册
(完善中)
基础(前提)知识
Linux 系统文字界面的基础操作
* 会进一个特定的目录下,学会建立,删除,移动,复制目录和文件,掌握 vim 文字处理程
序(可以理解成 Windows
VASP 使用手册
(完善中)
基础(前提)知识
Linux 系统文字界面的基础操作
* 会进一个特定的目录下,学会建立,删除,移动,复制目录和文件,掌握 vim 文字处理程
序(可以理解成 Windows 下的文本文档 ( *.txt ),但是功能更强, 可以在里面编辑脚本程序,
fortran 或者 C 语言程序)建议参见网页 里面的内容非常详尽还有很多例子,看时建议抓
住重点看
关于 origin (用来画 DOS图)和 VESTA(用来显示几何结构和电子结构)都非常容易学,会基本操作就可,遇到问题可以上网查查或与同学交流
在 Linux 系统下计算软件 VASP的使用
一、建好 5 个输入文件( POSCAR, INCAR, POTCAR, KPOINTS, 一个提交文件)
1, POSCAR
手动建立, vi POSCAR ..
还可以在 MS的帮助下建立
2, INCAR
咱们组有公用标准的 INCAR文件, 进行不同的计算只需改其中的几个参数就可以了
3, POTCAR
从 cluster 上的某个目录下面拷贝过来,放到要计算的目录里如果要算多个元素的体系,使用命令
Eg: cat POTCAR-Ni POTCAR-Pt > POTCAR
4, KPOINTS

文件,从别处拷贝一个,修改里面的参数即可
5,提交文件都可以用现成的,在老节点上( node1~node21)使用
新节点上使用 yzx8vasp ( 记不清了,用绿衬底标出 )
二、在服务器上编译 vasp ,一般管理员或别的用户以及编译过了,本平台编译好的目录在
或 /public/baoer/ ,编译使用的 mpi 可能不同。
将上面目录下的可执行文件 vasp 拷贝到用户工作目录下或者在作业提交脚本里通过目
录找到可执行文件 vasp 。
三、提交任务
使用命令
qsub 或者 qsub yzx8vasp
之后会自动产生例如的字样,这个 8026 表示的就是你提交的这个任务的任务号码四、查看任务
qstat

– a



qstat -n
一般只需要看 3 列
第一列:任务序号
第二列:使用者账户
最后一列:计算消耗的时间
五、杀某一个任务
由于任务提错了或别的原因, 不想要算某一个任务了。
eg?: qdel 8024 意思为删除任务号为 8024 的任务

杀死(删除)这个任务使用命令:
六、提取有用信息
任务结束后,任务序列号就会消失,这时进入计算的目录
可以删除的文件,计算完成后
有用的文件为( OUTCAR,CONTCA

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