文档介绍：单核苷酸多态性检测技术
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内容简介
1
SNP 概 念
2
SNP 特 点
3
SNP 检 测 技 术
4
实 验
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等位基因特异 PCR ( AS-PCR)
原理：根据 SNP位点设计特异引物,其中一条链(特
异链)的3′末端与 SNP位点的碱基互补(或相同) ,
另一条链(普通链)按常规方法进行设计,因此,AS-
PCR技术是一种基于SNP的PCR标记。因为特异引
物在一种基因型中有扩增产物,在另一种基因型中没
有扩增产物,用凝胶电泳就能够很容易地分辨出扩增
产物的有无,从而确定基因型的 SNP。
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SNPs高通量的检测方法
另一大类检测方法是近些年来发展起来的, 高通
量、 自动化程度较高的检测 SNPs的方法,较为常用
的有:
1 . DNA测序法;
2 . DNA芯片检测;
3 . 飞行质谱仪 (MALDI- TOFMS )检测;
4 . 变性高效液相色谱 ( DH PLC )法等等
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DNA测序法
直接测序是最容易实施的SNP检测方法。
原理: 通过对不同个体同一基因或基因片段进行测
序和序列比较, 以确定所研究的碱基是否变异, 其检
出率可达100%。
特点：可以得到SNP 的类型及其准确位置等SNP分
型所需要的重要参数。
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基因芯片技术( Genechips)
原理:是将具有特定碱基序列的探针固定在特殊的
载体上，待测基因经提取、荧光标记后，与固定好
的探针进行杂交，最后根据荧光的强度和种类测出
待测序列的碱基类别。
特点：基因芯片具有信息量大和自动化程度高的
突出优点。但它也存在若干问题: 芯片造价高昂, 所
需设备贵重, 不利于普及应用。
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MALDI-TOF
原理：是将变性的单链PCR产物通过与硅芯片上
的化合物共价结合后, 在硅芯片上进行引物的退火,
延伸反应, 突变部位配对的碱基与正常配对的碱基
不相同。根据引物在延伸反应中所结合的不同碱基
的不同质量在质谱仪上显示不同峰而检测SNP。
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变性高效液相色谱( DHPLC)
原理：目标核酸片段PCR扩增，部分加热变性后，含有突变
碱基的DNA序列由于错配碱基与正常碱基不能配对而形成异
源双链。因包含错配碱基的杂合异源双链区比完全配对的同
源配对区和固定相的亲和力弱，更易被从分离柱上洗脱下来,
从而达到分离的目的。SNPs的有无最终表现为色谱峰的峰
形或数目差异,依据此现象可很容易从色谱图中判断出突变的
碱基。
特点：使用高效液相色谱检测SNPs具有检测效率高，便于自动化的优点，对未知SNPs的准确率可达95%以上。但DHPLC检测对所用试剂和环境要求较高,容易产生误差, 不能检测出纯合突变。
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MassARRAY
SNP分型的方法多种多样，MassARRAY分子量阵列技术
是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具，通过
引物延伸或切割反应与灵敏、可靠的MALDITOF质谱技术相
结合，实现基因分型检测。
基于MassARRAY® 分子量阵列平台的iPLEX GOLD技术
可以设计最高多达40重PCR反应和基因型检测，实验设计非
常灵活，分型结果准确性高。特别适合于对全基因组研究发
现的结果进行验证，或者是有限数量的研究位点已经确定的
情况。
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MassARRAY技术原理:
先通过PCR扩增目标序列，然后加入SNP序列
特异延伸引物，在 SNP 位点上，延伸 1个碱基。将
制备的样品分析物与芯片基质共结晶后在质谱仪的
真空管经强激光激发，核酸分子解吸附为单电荷离
子，电场中离子飞行时间与离子质量成反比，通过
检测核酸分子在真空管中的飞行时间而获得样品分
析物的精确分子量，从而检测出SNP位点信息。
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MassARRAY技术原理:
MassEXTEND单碱基延伸反应，紧挨SNP位点设计一段探针，在反应体系中以ddNTP替代dNTP，使探针仅在SNP位点处延伸一个碱基即终止。根据SNP位点的不同，探针将结合不同的ddNTP，从而具有不同的分子量，质谱仪即可检测出这种分子量差异，从而实现SNP分型的目的。
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