文档介绍：高通量测序根底知识汇总 
一代测序技术：即传统的Sanger测序法，Sanger法是根据核苷酸在待定序列模板上的引物点开始，随机在某一个特定的碱基处终止，并且在每个碱基后面进行荧光标记，产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核列进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。
 
全基因组重测序：对已有参考序列〔Reference Sequence〕物种的不同个体进行基因组测序，并以此为根底进行个体或群体水平的遗传差异性分析。全基因组重测序能够发现大量的单核苷酸多态性位点〔SNP〕、拷贝数变异〔Copy Number Variation，CNV〕、插入缺失〔InDel，Insertion/Deletion〕、结构变异〔Structure Variation，SV〕等变异类型，以准确快速的方法将单个参考基因组信息上升为群体遗传特征。
 
转录组：Transcriptome，是指特定生长阶段某组织或细胞内所有转录产物的集合；狭义上指所有mRNA的集合。
 
转录组测序：对某组织在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA进行测序，获得特定状态下的该物种的几乎所有转录本序列信息。通常转录组测序是指对mRNA进行测序获得相关序列的过程。其根据所研究物种是否有参考基因组序列分为转录组de novo测序〔无参考基因组序列〕和转录组重测序〔有参考基因组序列〕。
 
外显子组：Exome，人类基因组全部外显子区域的集合称为外显子组，是基因中重要的编码蛋白的局部，并涵盖了与个体表型相关的大局部的功能性变异。
 
外显子组测序：是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。外显子测序相对于基因组重测序本钱较低，对研究基因的SNP、InDel 等具有较大的优势。
 
目标区域测序：应用相关试剂盒对基因组上感兴趣的目标区域进行捕获富集后进行大规模测序，一般需要根据目标区域专门定制捕获芯片。
 
宏基因组：Metagenome，指特定生活环境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。
 
宏基因组16S rRNA测序：可以对特定环境下的细菌和古细菌群体的微生物种类和风度进行有效的鉴定。对不同地点、不同条件下的多个样本16S rRNA的PCR产物平行测序，可以比较不同样本间的微生物组成及成分差异，进而说明物种丰度、种群结果等生态学信息。
 
表观遗传学：Epigenetics，是指在基因组DNA序列没有改变的情况下，基因的表达调控和性状发生了可遗传的变化。表观遗传的现象很多，的有DNA***化〔DNA methylation
〕，基因组印记〔genomic impriting〕，母体效应〔maternal effects〕，基因沉默〔gene silencing〕，核仁显性，休眠转座子激活和RNA编辑〔RNA editing〕等。
 
全基因组***化测序：DNA ***化是指在 DNA ***化转移酶的作用下，在基因组 CpG 二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共价键结合一个***基团。DNA ***化已经成为表观遗传学和表观基因组学的重要研究内容。***化是基因表达的主要调控方式之一，研究染色体DNA***化情况是了解基因调控的重要手段。对已经有参考基因组的物种的基因组DNA用标准亚硫酸氢盐〔Bisulfite〕处理后，未***化的胞嘧啶C会脱氨基形成尿嘧啶U，经PCR扩增，U替换为胸腺嘧啶T，而发生***化的胞嘧啶C保持不变。将处理组与参考基因组序列进行比对，可发现***化位点并对***化情况进行定量分析的方法叫做全基因组***化测序。
 
ChIp-Seq：Chromatin Immunoprecipitation sequencing，即染色质免疫共沉淀-测序技术，即通过染色质免疫共沉淀技术特异性地富集目的蛋白结合的DN***段。对富集得到的DN***段进行纯化与文库构建，然后进行高通量测序，从而得到全基因组范围内可以与目的蛋白相互作用的DN***段的方法叫做ChIP-Seq。
 
数字表达谱：Digital Gene Expression Profile，利用新一代高通量测序技术和高性能计算分析技术，能够全面、经济、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况，即运用特定的酶对mRNA距polyA tail 21-25nt的位置进行酶切，所获得的带polyA尾的序列(Tag)通过高通量测序，该tag被测得的次数即是对应基因的表达值。数字基因表达谱已被广泛应用于根底科学研究、医学研究和药物研发等领域。特点是经济，但获得的数据量有限。假设想获得转录本的更多信息的话，一般都采用转录组测序的方法来测序。