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ContigEpress软件使用说明.docx

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ContigEpress软件使用说明.docx

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ContigEpress软件使用说明.docx

文档介绍

文档介绍:: .
此名为ContigExpress的软件可用于做序列拼接,主要使用方法如下:
解压缩下载的压缩文件: .
此名为ContigExpress的软件可用于做序列拼接,主要使用方法如下:
,,,,进入ContigExpress操作界面,如图1。
图1
点击菜单上的"Project”选择"AddFragments”,一般我们发给您的是AB1文件,如果您有其它格式的文件,也可以选择,在这里我们选择AB1文件,以其为例,如图2。
童CantigEKprEssProject5■毗纽.
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jmpixtFraQmenc^rrwiz*trrpp图2
选择您存放AB1文件(即我们Email给您的测序结果的彩图文件)的目录,选择文件类型为ALLFILES,之后打开要拼接的AB1,从而添加进ContigExpress软件。在此以A、B两个序列为例,如果有多个序列的也可以同时添加进入。
«Piroji^t-<u«irled1>
,再选菜单令,或用工具栏上的按钮,如图的contigl的结果,如图4。
“Assemble”栏下的"AssembleSelectedFragments”命3。若两个结果能够拼接起来的,会得到一个Assemblel下
图4
双击contigl,打开拼接后的结果,选中菜单“VIEW”栏,进入VIEWOPTION,将SHOWALIGNMENTAS由TEXT改为GRAPH.,点击OK后得到结果如图5。此时可能会因为两条序列的测序结果误差,会有不同的地方,在拼接图片框中的绿色竖杠就表示了这些不同的地方,如图所示。接着可点击绿色竖杠找到有误差的地方,进行修改。
在修改过程中,遇到有误差的地方,可以根据峰形来判断是多读还是漏读来进行修此时电脑认为是漏读碱基的地方会以点来表示,■如图5,此处很明显是A序列上多读了一个G碱基,可将其删除。|(注:因为软件本身的问题

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