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确定清算单位是土地增值税清算的关键环节
准确确定清算单位（项目）是土地增值税清算工作的关键环节。清算单位确定不同，会导致不同的清算结果。笔者根据文件出台的时间顺序，解析相关政策如下。
计算单位
土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本核算项目或核算对象为单位计算
土地增值税暂行条例实施细则第八条：土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。
《房地产开发企业财务制度》：房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象分为土地开发、房屋开发、配套设施开发、代建工程开发四类。以上四类核算项目或核算对象划分作为土地增值税清算单位来计算土地增值税，可以整体项目来计算土地增值额、增值率和土地增值税额，以实现税负的正负相抵。
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清算单位
土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第一条：土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。对于土地增值税清算单位中，所称单位，指根据土地增值税清算工作的需要，按项目开发情况划分的，应作为单独鉴证对象的单项工程或单位工程。
计算方法
对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额
《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）：对纳税人既建普通住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用土地增值税暂行条例第八条（一）项的免税规定。
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实际工作中，有些房地产开发企业的清算项目包括普通住宅和非普通住宅，能够单独计算两者的增值额却不愿意进行这项工作，放弃普通住宅免税的待遇，而希望将项目合并计算增值额。这往往出现在普通住宅出现负增值，而非普通住宅出现较大增值的情况下，普通住宅的免税条款失去了意义，如果合并计算增值额，还能正负相抵，项目的整体税负得以降低。
财税字〔199