文档介绍：Microarray入门
Microarray入门
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合用标准文案
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导言
MICROARRAY
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双色杂交：为了最大限度地增加差别显示的可靠性和精准性，我们用两种拥有不同样光
谱的荧光染料标记两种不同样样本，此后混杂这两种探针，并同时与一张芯片杂交的方法来
直接比较这两种样本。两样本中的一种基因的相对表达量可经过同源目的基因的两种染料的
荧光强度的比值检测出来。这个比值对以上讨论的那些可能影响与某个特定基因杂交探针
绝对量，但不影响两种标记探针杂交相对量的因素不敏感。
DNA基因表达谱芯片的应用范围：最简单的基因表达谱检测是比较两种不同样细胞或组
织样本中的与芯片阵列中相应基因对应的mRNA的相对丰度。比方，可比较试验干涉前后，
或经某种办理后连续时段内的细胞以及不同样分化时期的细胞，也能够比较突变型和野生型之
间的mRNA表达的不同样方式。这种试验方法灵巧，使研究者能够收集到相关每种基因表达
调治的更正确信息。比方，经过一张芯片上的多核糖体RNA和总mRNA的比较杂交，可
以测出每个基因的翻译效率；经过细胞核和细胞质中的polyARNA样本的差别性杂交，可
以估计出细胞核与细胞质中的每种polyARNA的散布：同样的方法还能够够检查其他种类的
亚细胞单位。
I型和II型试验：好多受关注的生物学识题都能用双色杂交试验这种最简单的方法来研
究。即两种样本直接在一张芯片进步行比较（被称为I型试验[20]）。但是，关于需要比较
多个样本的复杂问题，这种直接的比较就不合用了。针对这种情况，我们使用一种取代的试
验设计，即在每次杂交中加一个一般比较作参照，这样既保持了双色杂交内部比较的实质
特色，又可形成在大量样本中的推断比较，而不需要每个成对样本独自比较（这样的试验设
计为II型试验）。这种方法最广泛的应用是用于时段（time-course）试验[21]，即每个时
点（timepoint）与一个原始时点作比较。由于在某个时点的一个特定基因的量相关于一
个固定的参照（原始时点）而被检测，那么即可研究经过这个时段的每个基因的活动方式。
参照物不用然与被查验的样真相关系，参照物最主要的属性是它应供给一个杂交信号，这
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样在芯片上任何一个目的基因的杂交信号比值的分母就不会为零。由于在被对照的大量样
本中，一个理想的参照物关于每个样本来说，都是同样资料的混杂，在这个混杂物中，在一
个样本中表达的任何一个基因，也会在参照物中表达出来。
二、仪器设施
制作和应用基因芯片，需要两种设施：一个是制作芯片的机械手（又称点样仪）和一
个扫描芯片的装置，一般是一个激光共聚焦显微镜（或称扫描仪）。好多大的实验室和生物
技术企业对基因芯片技术的激动已被操作芯片试验所要求的较高专业技术和其惊人的价钱
所冲淡了。为了使该技术操作更方便，价钱更可接受，我们设计了价钱相对低价，及对分
子生物学家来说更易操作、不需要太多工程专业经验就能装置和操作的仪器。而且在网上
（）刊登了详尽的数据、设计构造和操作说明书。点
样仪和扫描仪两项仪器总的价钱大概是60000美金。
三、靶DNA的制备
靶DNA的选择：关于大规模基因表达的研究，每个被解析的基因都需要一个特定的杂
交目标，从实质上讲，由于任何双链DNA样本（以及大部分单链DNA样本）都能被点在
办理过的玻璃片上，所以点片用的靶DNA的选择很大程度上取决于所要研究的基因的可获
得程度。关于那些基因组已被圆满测序的有机体，最简单的方法是用PCR扩增基因组中已