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建设工程施工合同是依法保护发承包双方利益的法律文件，是发承包双方在工程施工过程中的最高行为价合同，必须明确单价所包含的工程虽内容的清单。
3. 对工程预付款、进度拨款和竣工结算程序做出详细规定。
一般情况下，工程进度款按月付款或按工程进度拨付，但如何申请拨付，需报何种文件，如何审核确定拨款数额以及双方对进度款认识不一致时如何处理，往往缺少详细的合同规定，影响工程施工。一般合同中对竣工结算程序的规定也较粗，不利操作。因此，合同中应特别注重工程拨款和结算的程序约定。（1）填写约定工程预付款的额度，应结合工程款、建设工期及包工包料情况来计算。（2）应准确填写发包人向承包人拨付款的具体时间或相对时间。（3）应填写约定扣回工程款时间和比例。（4）工程进度款的支付时间与支付方式，以形象进度可选择：按月计算、分段结算、竣工后一次结算（小工程）及其他结算方式。（5）工程进度款的拨付应以发包方代表确认的已完工程虽，相应的单价及有关计价依据计算。
合同中对工程预付款、进度款应明确约定，发包人向承包人预付工程款、进度款的时间和金额或合同价款总额的比例。若发包人不按约定的时间和比例执行，引起的工期顺延可不追究承包方的责任。承包方可以要求由于进度款或预付款付款不及时带来的损失。
4. 总包合同中应具体规定发包方、总包方、分包方各自的责任和相互关系。
尽管发包方与总包方、总包方与分包方之间订立有总包合同和分包合同，法律对发包方、总包方及分包方各自责任和相互关系也有原则性的规定，但实践中仍常常发生分包方不接受总包方监督，和发包方直接向分包方拨款造成总包方对分包方难以管理的现象。因此，在总包合同中应当将各方责任和关系具体化，便于操作，避免纠纷。
以上的行为时有发生，会造成资金管理混乱，三者的资金往来出现交叉，在工程竣工结算时出现纠纷。如果发包方将工程款直接拨入分包方账号中，总包方可以追认此款项，发包方必须将工程款拨入总包方账号。如发包方不执行，总包方可起诉法院，请求法院强制执行，将工程款追回。
但是一般情况下，以上情况很少出现，因为在合同履行过程中，都是合同双方之间有资金往来和工作关系，只要在合同中与对方约定好双方的权利和义务即可。
5. 明确规定监理工程师及双方管理人员的职责和权限。
建设工程在工程施工过程中，发包方、承包方、监理方参与与生产管理的工程技术人员和管理人员较多，但往往职责和权限不明确或不为对方所知，由此造成双方不必要的纠纷和损失合同中应明确列出对方派出的管理人员名单，明确其各自职责和权限，特别应将具有变更、签证、价格确定等签认权的人员的签认范围、程序、生效条件等规定清楚，防止其他人员随意签字，在最终结算时，双方不认可，引起纠纷，给施工方造成损失。
6. 材料设备供应应约定清楚。
应详细填写材料设备供应的具体内容、品种、规格、数虽、单价、质虽等级提供的时间和地点。
(1) 应约定供应方承担的具体责任。
双方应约定供应材料和设备的结算方法(可以选择预结法、现结法、后结法或其他方法)施工合同规定是甲方供料，合同条款中必须约定材料的具体内容、品种、规格、数虽、单价、质虽等级提供的时间和地点以