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从患者开始谈基因检测的整个流程
题记：几颗玉米放进爆米花机器，出来便是爆米花；一个智力一般的高中生放到人大附中，三年后出来就是国际一流大学新生；二两五花肉和几个青椒0g 离心 10min ，分别收集上清和沉淀
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至离心管中；上清再 4 ° C 16000g 离心 10min ，收集上清
血浆转移至 15mL 离心管中。血浆 血细胞样品，均封口膜
封口，干冰运输。 7）胸水： 8）腹水：这两个情况比较少，
至少我们公司很少遇到这样的样本。 ：质控。血液样本是否
合格，是否可以进行测序上机， 样本质量怎么样安捷伦 2100
生物分析仪或者 4200 TapeStation 核酸分析仪，通过 DNA
完整值（ DIN）来数字化基因组 DNA的完整性。如果不用这些仪器，可以通过跑胶来实现这一步。质控不合格，只有重
新采样。标准流程只需要μ g DNA，DNA的 OD 260/280 在之
间， RNA的 RIN 值≥。实验中发现，只要 RIN 值大于 7，就
可以获得比较满意的结果。 （ RIN： RNA完整值）。总的来说，
质控两个指标： 1）足够的 DNA量； 2）完整的 DNA基因组。
这个步骤在构建文库后上机测序前完成。 ：文库构建。简而
言之，获取足够量的 / 目的的 / 前期适合上机测序而标准处理
的 DNA。其程序主要有：片段化，连接，扩增。 1）片段化：
我们总不能直接将那么长的 DNA去测序吧，测序仪就只能一
次测几百 bp 的 DNA，超声波片段化等方法， 获得 DN***段为
正态分布 200-500bp ，通过一定方法（切割琼脂糖凝胶电泳
条带）选择所需长度的 DN***段（ 150-200bp ），其它的片段就扔了（不影响覆盖范围） 。 2）末端修补：上面的方法（物理方法）片段化的 DNA，一般来说两端都被破坏了，不再是平平整整的了，而后续步骤需要在两端加测序接头，所以我
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们得先把这个破坏的两端修补好。修补所需三种酶： 5‘端延伸的酶， 5’端连接的酶， 3‘端延伸的酶。 3）3’端加 A：片段化且两端修补好的 DNA，3‘端加上一个碱基 A，而下一步骤的连接接头 3’端有一个碱基 T，这样就实现了碱基互
补而连接起来了。 这样做还有以下几个原因： 提供连接效率；防止接头与 DN***段多种方向连接；减少接头之间的连接。
值得一提的是 1）2）3）的步骤可以用 WGSFramentation Mix 搞定。 4）两端加接头：首先明确接头 3‘端有一个突出的碱
基 T，插入片段 3’端有一个突出的碱基 A；其次，这个工序是在插入片段两端加入东西；这个东西包括以下几个部分：
测序接头（ P5， P7；测序时用于与种植在 Flow Cell 上的序列碱基互补配对用） ， Barcode （用于标识该条 DN***段属于哪个样本， 4 个碱基）