文档介绍：（一）蛋白质基本理化性质分析
蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础
蛋白质的基本性质：
相对分子质量 氨基酸组成
等电点（PI） 消光系数
半衰期 不稳定系数
总平均亲水性 氨酸(R) 或赖氨酸(K).
H-region为疏水核，一般长为12~14个氨基酸.
C-region包含信号肽酶(SPase)的剪切位点，在剪切位点的-1位和-3位上多为中性的丙氨酸，该区域也称为富含丙氨酸区域.
N H C
N端 C端
蛋白质序列分析
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常用工具
SignaIP（）
通过神经网络方法的组合
预测信号肽的位置及相应切点
三 信号肽的预测
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人的内质网驻留蛋白信号肽预测 Q9BS26
输入序列的FASTA文件
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人的内质网驻留蛋白信号肽预测
曲线颜色
此处C值最大；S值陡峭；Y值最高峰。预测为信号肽剪切位点
文本结果，YES代表该蛋白包含信号肽,剪切位点位于29，30残基处
C score: 剪切位点分值
S score: 信号肽分值
Y score: 综合剪切位点分值
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四 蛋白质亚细胞定位预测
亚细胞定位与蛋白质的功能存在着非常重要的联系。亚细胞定位预测基于如下原理：(1)不同的细胞器往往具有不同的理化环境,它根据蛋白质的结构及表面理化特征,选择性容纳蛋白。(2)蛋白质表面直接暴露于细胞器环境中,它由序列折叠过程决定,而后者取决于氨基酸组成。因此可以通过氨基酸组成进行亚细胞定位的预测。
推荐使用PSORT(/)II软件对PDCD5蛋白的细胞内定位进行预测。PSORT将动物蛋白质定位于10个细胞器：(1)细胞浆，(2)细胞骨架，(3)内质网，(4)胞外，(5)高尔基体，(6)溶酶体，(7)线粒体，(8)胞核，(9)过氧化物酶体(peroxisome)和(10)细胞膜。
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输入蛋白质序列FASTA文件
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细胞外，细胞壁
线粒体
细胞骨架
细胞核
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五 跨膜区预测
各个物种的膜蛋白的比例差别不大，约四分之一的人类已知蛋白为膜蛋白。由于膜蛋白不溶于水，分离纯化困难，不容易生长晶体，很难确定其结构。因此，对膜蛋白的跨膜螺旋进行预测是生物信息学的重要应用。
推荐使用TMHMM软件ICEs/TMHMM/)对蛋白进行跨膜预测。TMHMM综合了跨膜区疏水性、电荷偏倚、螺旋长度和膜蛋白拓扑学限制等性质，采用隐马氏模型(Hidden Markov Models)，对跨膜区及膜内外区进行整体的预测。TMHMM是目前最好的进行跨膜区预测的软件,它尤其长于区分可溶性蛋白和膜蛋白，因此首选它来判定一个蛋白是否为膜蛋白。所有跨膜区预测软件的准确性都不超过52%，但86%的跨膜区可以通过不同的软件进行正确预测。因此，综合分析不同的软件预测结果和疏水性图以获得更好的预测结果。
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输入蛋白质序列FASTA文件
铝激活苹果酸转运蛋白的跨膜区预测
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跨膜区
起始氨基酸
终止氨基酸
文字结果
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跨膜区
膜外区
膜内区
图形结果
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卷曲螺旋(coiled coil)是蛋白质中由2～7条α螺旋链缠绕成麻花状结构的总称
存在于多种天然蛋白质中，如转录因子、结构蛋白、膜蛋白中，在生物体内执行着代谢调控、分子运动、膜通道、分子识别等重要的生物功能，
六 蛋白质卷曲螺旋域分析
典型的有亮氨酸拉链，存在7残基
重复结构（heptad repeat)，以a，b， c，d，e，f，g位置表示，其中a和d位置为疏水性氨基酸，而其他位置 残 基为亲水性
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卷曲螺旋
控制蛋白质寡聚化的元件，存在于转录因子、蛋白融合多肽等
一种很简单的三级结构，容易预测
常用工具
COILS - Prediction of Coiled Coil Regions in Proteins
（）
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