文档介绍：灰度值和光密度值在免疫组化定量分析
免疫组化技术现在是很成熟的方法，但是对免疫组化照片的分析并没有一个权威的说法。现在可以查到无数篇应用图像分析来分析免疫组化的文献，但几乎没有哪一篇能详细地叙述分析的过程与方法。
首先，免疫组化的样t/size 窗口中点 file save settings 。保存环境设置文件。
测量用 irregular 工具画出测量区域。
这里很关键的一点就是如何画这个测量区域。
最普通的情况下，要测量整张照片的光密度，就不必画这个测量区域了。此时会测量
照片上全部被选中的黄色的光密度总和(IOD SUM ,面积就是照片的面积。
如果你拍摄的照片上，有个角正处于切片边缘，没有细胞，这就需要把这个角上的空
白面积给扣掉了，此时画的“测量区域”就应该沿着样品的边缘来画。
另一种情况是，要测量一个癌巢里的蛋白表达，边上正常组织上的表达不算。这时候
就要沿着这个癌巢的边界画这个“测量区域”。
点count按纽。完事。测量数据在 view statistics 窗口中，读取IOD SUMK值，作为这张照片的累积光密度值。其他的数值都是没用的。
如果你用 irregular 工具画了一个“测量区域”，那点 count 时，程序会只测量“测
量区域”内的IODo外面的不管。
在测量数据中显示的 area 是黄色部分的面积。在很多情况下，这个面积值意义不大。
测量面积。
通常我们需要测量的是一个平均光密度( meandensity )而不是积分光密度(IOD) 。上
一步已经测量了 IOD,现在就要测量area 了，再说一遍，上一步的测量数据里的 area 在通常情况下并不是正确的 area 。
如果测量的是整张照片， area 就是照片的面积。如果用 irregular 画了“测量区域”，
area 就是这个测量区域的面积。此时只要在count/size 窗口中点 edit - convert AOI
to object ,然后就能在测量数据窗口中看到测量面积了。此时还能看到另一个IOD值，这个值是不能用的，它包括了蓝色细胞核的光密度。
数值处理：对每一张照片，要测量一个IOD SUM,如果选择了测量区域，还要测量一个 area。
这张照片的测量值一般是平均光密度，它反映了这张照片上免疫反应物的表达强度。
mean density = (IOD SUM) / area
在测量整张照片的时候，可以只测量IOD SUM,在这种情况下，所有照片的面积都是相等的。
meandensity与IOD都是个相对值，所以是没有单位的。其实ODfi本身就是个比例
值。这个词在分光光度计上常用，意思是optical density
通常我们有两组实验对象，实验组与对照组，每组有十来个样品，各拍摄几张照片。
每个样品拍摄的几张照片测量的 mean density 再作一次平均，作为这个样品的 mean density.
一个实验组的几个样品测量值可以计算其平均值与标准差，或者直接用T检验去统计
两组的统计学差异。
把一张照片的测量值当作一个数据也是可以的。
再次强调，一张照片只测量一个IOD值或meandensity值，作为这张照片的测量数据。 statistics 窗口中的其他统计