文档介绍:精选课件
核酸凝胶电泳
用于分离、鉴定和纯化DNA或RN***段
优点:
便于分离;便于检测;便于回收
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琼脂糖凝胶电泳是以琼脂凝胶作为支持物,利用DNA分子在泳动时的电荷效应和分子筛效应,达到分
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基本过程:制胶 放入电泳槽中并加入电泳缓冲液 取出梳子 将适量的核酸样品和上样缓冲液混合并上样于加样孔中 一定电压条件下电泳 合适的时间后停止电泳 取出凝胶进行溴化乙锭染色 凝胶成像系统紫外灯下观察并照相保存结果
注意:溴化乙锭具有致癌性,操作时要带手套
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(1)琼脂糖凝胶电泳的基本过程
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上样缓冲液的三个作用
(1)增加样品密度保证DNA沉入加样孔内
(2)使样品带有颜色便于简化上样过程
(3)其中的染料在电场中可以预测泳动速率向阳极迁移。
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6*上样缓冲液成分:
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(2)琼脂糖凝胶中DNA的检测
通过染色, 紫外灯下检测。
主要有溴化乙锭(ethidium bromide, EB)染色法和SYBR Gold染色法。
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凝胶的EB染色
(1)EB被认为是一种强致癌物质,见光分解。
(2)EB可用来检测单链或双链核酸
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(3)EB使用时的配制、贮存及使用
EB常用水配制成10 mg/ml的贮存液,于室温保存在棕色瓶或用铝箔包裹的瓶中, μg/ml 。
(4)当要知道DN***段准确大小时,凝胶应在无EB情况下电泳,电泳结束后再用EB染色。
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EB替代品
SYBR Gold是一种新型极敏感染料的商品名称。其与DNA结合的亲和力高,并且结合后,能够极大增强荧光信号。
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sybr-green、sybrgold ---- 不稳定,毒性也很大
goldview ----宣称无毒,不灵敏,回收连接不好,荧光易猝灭。对于大片段DNA的染色效果还凑合,但是在对于500bp以下的片段效果不是很好。
GelRed/GelGreen低毒,效果很强!但价格昂贵。
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(3)结果分析
提取细菌基因组电泳图
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琼脂糖凝胶电泳检测细胞凋亡过程中
DNA Ladder的形成
PCR产物的电泳
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RNA电泳图
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1、溴乙锭(EB)是诱变剂 ,应戴乳胶手套。凡是沾污过溴乙锭的器皿或物品,必须经专门处理后,才能进行清洗或弃去。
    2、加样量的多少决定于加样孔最大容积。加入样品的体积应略少于加样孔容积。
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DNA带很淡或无带
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DNA带拖尾
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紫外吸收法、定磷法
(1)目测条带亮度来判断DNA浓度跑胶时候marker 按说明书的量上样电泳,电泳完毕后,就可将目的DNA条带和marker 条带的亮度做个大致的比较。       找出两者最接近亮度的条带。根据条带的亮度、大小大致就可推测目的DNA的浓度。 在通过目测DNA浓度的时候,最好要把加样量设一个梯度,如果质粒的量很浓的话。
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(2)分光光度法
DNA或RNA链上碱基的苯环结构在紫光区具有较强吸收,其吸收峰在260nm处。
波长为260nm时,DNA或RNA的光密度OD260不仅与总含量有关,也随构型而有差异。
对标准样品来说,浓度为1μg / ml时,DNA钠盐的OD260=
当OD260=1时,dsDNA浓度约为50μg / ml
               ssDNA浓度约为37μg / ml
               RNA浓度约为40μg / ml
               寡核苷酸浓度约为30μg / ml(由于底物不同有差异
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当DNA样品中含有蛋白质、酚或其他小分子污染物时,会影响DNA吸光度的准确测定。
一般情况下同时检测同一样品的OD260、OD280和OD230,计算其比值来衡量样品的纯度。
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经验值:
纯DNA:OD260/OD280≈(>,表明有RNA污染;<,表明有蛋白质、酚等污染)
纯RNA: <OD260/OD280<(<;>***酸残存)
若样品不纯,则比值发生变