文档介绍：SDS-聚丙烯酰***凝胶理论
影响蛋白质和 SDS 结合的主要3个因素
1）二硫键是否完全被还原：
只有在蛋白质分子内的二硫键被彻底还原的情况下， SDS 才能定量地结合到蛋白质分子上去，并使之具有相同的构象SDS-聚丙烯酰***凝胶理论
影响蛋白质和 SDS 结合的主要3个因素
1）二硫键是否完全被还原：
只有在蛋白质分子内的二硫键被彻底还原的情况下， SDS 才能定量地结合到蛋白质分子上去，并使之具有相同的构象。—般以巯基乙醇作还原剂。在有些情况下，还需进一步将形成的巯基烷基化，以免在电泳过程中重新氧化而形成蛋白质聚合体。
2）溶液中 SDS 的浓度：
溶液中 SDS 的总量，至少要比蛋白质的量高 3 倍，一般需高达 10 倍以上。当溶液中SDS单体浓度大于1mmol/L时大多数蛋白质与SDS结合的重量比为1:， mmol/L以下时，两者的结合比仅为1: ，为保证蛋白质与SDS的充分结合，它们的重量比应该为1:4或1:3。
3）溶液的离子强度：
溶液的离子强度应较低，最高不能超过 ， 因为 SDS 在水溶液中是以单体和分子团的混合体而存在， SDS 结合到蛋内质分子上的量，仅决定于平衡时 SDS 单体的浓度而不是总浓度，在低离子强度的溶液中， SDS 单体具有较高的平衡浓度。
三. 注意事项
用SDS-PAGE测蛋白质Mr时应注意以下问题：
1 ). 如果蛋白质 -SDS 复合物不能达到 SDS ／ lg 蛋白质的比率并具有相同的构象，就不能得到准确的结果。
2 ). 不同凝胶浓度适用于不同的 Mr范围， Weber 的实验指出，在 5% 的凝胶中， M r 为 25 000-200 000 的蛋白质 ，其 Mr的对数与迁移率 呈直线关系；在 10 ％的凝胶中， M r 为 10 000-70 000 蛋白质 ，其 Mr的对数与迁移率 呈直线关系；在 15 ％的凝胶中， Mr为 10 000-50 000 蛋白质，其 M r 的对数与迁移率呈直线关系； ％ ( 以上各种浓度的凝胶，其交联度都是 %) 的凝胶可用于 Mr更高的蛋白质。
3 ). 许多蛋白质，是由亚基 ( 如血红蛋白 ) 或两条以上肽链 ( 如胰凝乳蛋白酶 ) 组成的，它们在 SDS 和疏基乙醇的作用下，解离成亚基或单条肽链。因此，对于这一类蛋白质， SDS- 凝胶电泳测定的只是它们的亚基或单条肽链的 M r ，而不是完整分子的 Mr 。 为了得到更全面的资料，还必须用其它方法测定其 Mr及分子中肽链的数目等，与 SDS- 聚丙烯酰***凝胶电泳的结果相互参照。
4 ). 不是所有的蛋白质都能用 SDS- 聚丙烯酰***凝胶电泳法测定其 Mr ，已发现电荷异常或构象异常的蛋白质，带有较大辅基的蛋白质 ( 如某些糖蛋白 ) 以及一些结构蛋白（如胶原蛋白等）用这种方法测定出的 Mr是不可靠的。如组蛋白 F 1 ，它本身带有大量正电荷，尽管结合了正常量的 SDS ，仍不能完全掩盖其原有电荷的影响。它的 Mr是 21 000 ，但 SDS- 凝胶电泳测定的结果却是 35 000 。因此，要确定某种蛋白质的分子量时，最好用两种方法互相验证，则更为可靠。
采用SDS-聚丙烯酰***凝胶电泳法测蛋白质分子量时，只有完全打开二硫键， 蛋白质分子才能被解聚，SDS才能定量地结合到亚基上而给出相对迁移率和分子量对数的线性关系。因此在用SDS处理样品同时往往用巯基乙醇处理，巯基乙醇是一种强还原剂，它使被还原的二硫键不易再氧化，从而使很多不溶性蛋白质溶解而与SDS定量结合。
有许多蛋白质是由亚基（如血红蛋白）或两条以上肽链（如胰凝乳蛋白酶）组成的，它们在SDS和巯基乙醇作用下，解离成亚基或单条肽链，因此这一类蛋白质，测定时只是它们的亚基或单条肽链的MW。
已发现有些蛋白质不能用SDS-PAGE测定分子量。如电荷异常或构象异常的蛋白质，带有较大辅基的蛋白质（某些糖蛋白）以及一些结构蛋白，如胶原蛋白等。
采用SDS-聚丙烯酰***凝胶电泳法测蛋白质分子量时，往往采取2种以上测定方法结合使用。目前其他常用测定相对分子量的方法有：
聚丙烯酰***梯度凝胶电泳法测定蛋白质的相对分子量（有浓缩样品特点，可分次加样；不需解离亚基，适宜测定球蛋白，而对纤维蛋白有误差。电泳需2000伏特小时）
凝胶层析法测定蛋白质相对分子量（特点方法简单，样品用量少，而且有时不需纯物质，一般不引起生物活性物质的变化。局限性是pH6-8的范围内，线性关系比较好，但在极端pH时，蛋白质有