数据库格式.ppt

文档介绍：二级数据库简介
二级数据库的形式:大多以web界面为基础,具有文字信息、表格、图形、图表等方式显示数据库内容;
一级数据库与二级数据库之间并无明确的界限。(例如:GDB、AceDB、SCOP、CATH等都已经具有二级数据库的特色)
1、基因组信息二级数据库
TransFac(真核生物基因转录调控因子数据库)
德国生物工程研究所开发维护,始建于1988年。
包括顺式调控位点、基因、转录因子、细胞来源、分类和调控位点核苷酸分布6个子库。
TransFac的网址:.
2、蛋白质序列二级数据库
Prosite(蛋白质序列功能位点数据库)
始建于1990年代初,由瑞典生物信息学研究所SIB负责维护。
基于对蛋白质家族中同源序列多重序列比对得到的保守区域,这些区域通常与生物学功能相关。
数据库包括两个数据库文件:数据文件Prosite;说明文件PrositeDoc。
Prosite的网址:http://cn./prosite/
3、蛋白质结构二级数据库
DSSP (Definition of Secondary Structure of Proteins)
蛋白质二级结构构象参数数据库
DSSP的网址:/gv/dssp/
FSSP (Families of Structural Similar Proteins)
蛋白质家族数据库
FSSP的网址:-/
HSSP(Homology Derived Secondary Structure of Proteins)
同源蛋白质数据库
HSSP的网址: /gv/hssp/