蛋白质序列分析.ppt

文档介绍：第六讲蛋白质序列分析
上节课回顾
系统发育树构建
DNA sequence
Protein sequence
Protein structure
Protein function
蛋白质结构预测过程
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ORF翻译
实验数据
蛋白质序列
蛋白质理化性质
和一级结构
数据库搜索
结构域匹配
已知结构的
同源蛋白?
三维结构模型
可用的折
叠模型?
同源
建模
有
二级
结构预测
无
串线法
有
从头
预测
无
蛋白质结构分析
蛋白质一级结构
蛋白质基本理化性质分析
蛋白质亲疏水性分析
蛋白质跨膜区结构预测
蛋白质二级结构
蛋白质二级结构预测
(α螺旋,β折叠等)
蛋白质超二级结构
蛋白质结构域分析
蛋白质三级结构
蛋白质三维结构模拟
蛋白质结构分析主要内容
理化性质: 分子量、等电点、氨基酸组成等结构分析:一级结构、二级结构、三级结构功能预测:motif、domain、信号肽、跨膜区、 亚细胞定位、蛋白质修饰等
蛋白质数据库介绍
蛋白质的结构主要分为四级, 一级结构、二级结构、三级结构以及四级结构。依据这种结构层次, 将蛋白质数据库分为:
1. 蛋白质序列数据库:如PIR、SWISS-PROT、NCBI , 这些数据库的数据主要以蛋白质的序列为主, 并赋予相应的注释;
2. 蛋白质模体及结构域数据库:如PROSITE、Pfam, 这些数据库主要收集了蛋白质的保守结构域和功能域的特征序列;
3. 蛋白质结构数据库: 如PDB 等, 这些数据库主要以蛋白质的结构测量数据为主;
4. 蛋白质分类数据库:如SCOP、CATH、FSSP 等, 这其中有以序列比较为基础的序列分类数据库以及以结构比较为基础的结构分类数据库之分。
:ExPaSy,Expert Protein Analysis System /瑞士生物信息学研究所2. 生物序列分析中心:CBS,Center for Biological Sequence/services/丹麦技术大学
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一、蛋白序列的获取
使用工具: ORFfinder、blastx
二、蛋白质理化性质分析
使用工具:ProtParam
三、跨膜区分析
使用工具:TMpred
四、二级结构分析
使用工具:PredictProtein
五、结构域分析
使用工具:InterProScan
六、蛋白质三级结构分析
使用工具:SWISS-MODEL/SWISS-PdbViewer
课程安排
一、蛋白序列的获得
1. 基因序列翻译推导得到
2. 氨基酸(多肽)测序得到
3. 双向电泳、质谱分析得到
4. 数据库得到