文档介绍：外源基因在毕赤酵母中表达水平的预测
表达产物的SDS聚丙烯酰***凝胶电泳分离分析鉴定
分析其他目的基因在毕赤酵母中高效表达的概率
综合性设计性实验-2
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第一部分：外源基因在毕赤酵母中高效表达的预测
第二部分：毕赤算的最低自由能（计算温度参数设为30℃）。
对于每个新数据，为了预测该基因是否能在酵母中高效表达（表达水平大于100 mg/L），可先计算这6个区间的最低自由能，然后运算上述的1,000个判别函数，来评估该基因高效表达的概率。如果在这1,000次的判别分析中，有500次或以上的HEG1大于LEG1，那么这个外源基因为一个表达水平大于100 mg/L的基因，否则就是个表达水平低于100 mg/L的基因。
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外源基因在毕赤酵母表达系统中高效表达预测的网页服务器
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分析流程：
在“sequence”方框中输入由目的基因末端100bp及其后面的载体100bp组成的200bp序列片段；
点击底下的“Evaluation”按钮，在“Evaluation”方框中显示预测的结果；
，则可点击“Design”这个按钮，则显示根据密码子使用改造后的序列。
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用该软件来预测NGAL在毕赤酵母高效表达的概率
截取NGAL cDNA 3‘末端最后100bp碱基（包括终止密码子TGA），与pPIC9载体EcoR I位点后100bp碱基（包括EcoR I位点）组成200bp的序列片段，
用RNAfold软件计算[18,123], [31,140], [35,150], [90,118], [90,151]和[95,135] 六个区间的最低自由能（RNAfold的温度参数设为30℃）。
其数值运算于1,000个判别函数，，，但我们仍想通过表达这个基因来验证酵母高效表达的数学模型。
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学****SDS-PAGE测定蛋白质分子量的原理
掌握垂直板电泳的操作方法
了解蛋白印迹技术原理和方法
实验目的
第二部分，毕赤酵母蛋白表达产物的SDS-聚丙烯酰***凝胶电泳分离分析鉴定
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带电质点在电场中向带有异相电荷的电极移动，这种现象称为电泳。
电泳使用不同的支持介质，早期有滤纸、玻璃珠、淀粉粒、纤维素粉、海砂、海绵、聚***乙烯树脂；以后有淀粉凝胶、琼脂凝胶、醋酸纤维素膜，现在则多用聚丙烯酰***（PAGE）和琼脂糖凝胶。
电泳的概念和分类
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聚丙烯酰***凝胶是由单体丙烯酰***(acrylamide，简称Acr)和交联剂N,N-甲叉双丙烯酰***(N,N-methylene-bisacylamide，简称Bis)在加速剂N,N,N,N-四***乙二***(N,N,N,N-tetramethyl ethylenedia mine，简称TEMED)和催化剂过硫酸铵(ammonium persulfate (NH4)2S2O8，简称AP)或核黄素(ribofavin即vita min B2，C17H20O6N4)的作用下聚合交联成三维网状结构的凝胶，以此凝胶为支持物的电泳称为聚丙烯酰***凝胶电泳(polyacrylamide gel electrophoresis，简称PAGE)。
单体丙烯酰***和N,N-甲叉双丙烯酰***的聚合
催化剂
Acr
Bis
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聚丙烯酰***凝胶电泳(聚丙烯酰***凝胶中主要取决于三种因素：蛋白大小，形状和电荷。
SDS-聚丙烯酰***凝胶电泳:是在聚丙烯酰***凝胶系统中引进SDS（十二烷基硫酸钠）。
1967年，Shapiro等人首先发现，如果在聚丙烯酰***凝胶电泳系统中加入一定量的十二烷基硫酸钠（SDS），则蛋白质分子的电泳迁移率主要取决于蛋白质的分子量大小。
SDS-PAGE的原理
SDS的分子式
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SDS是一种阴离子去垢剂，SO32-带负电荷。因此蛋白质在含有强还原剂的SDS溶液中与SDS分子结合时，可形成SDS-蛋白质复合物。这种复合物由于结合大量带负电荷的SDS，好比蛋白质穿上带负电的“外衣”，蛋白质本身带有的电荷则被掩盖了。从而起到消除各蛋白质分子之间自身的电荷差异的作用。
SDS能断裂分子内和分子间氢键，破坏蛋白质的二级和三级结构，强还原剂能使半胱氨酸之间的二硫键断裂，使蛋白复合物分解成多个亚基。
因此在电泳时，蛋白质分子的迁移速度则主要取决于蛋白质（亚基）分子大小。
使聚丙烯酰***凝胶具有分子筛效应。
SDS的作用
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当分子量在15KD到200KD之间时，蛋白质的迁移率和分子量的对数呈线性关系，符合下式：