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基于生物信息学和体外实验探...己碱治疗早期矽肺的关键通路 梁超.pdf

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基于生物信息学和体外实验探...己碱治疗早期矽肺的关键通路 梁超.pdf

上传人:香菱 2022/8/23 文件大小:1.30 MB

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海南医学院学院集团肿瘤医院,安徽 淮南 232033)
[摘要] 目的:基于生物信息学和体外实验探究粉防己碱治疗早期矽肺发展的关键通路。方法:通过文献挖掘收集矽
肺患者的差异表达基因;利用高通量基因表达数据库(GEO)收集二氧化硅滴注小鼠的差异表达基因;借助在线人类孟德尔
遗传数据库(OMIM)、GeneCards、比较毒物基因组学数据库(CTD)获取矽肺相关的疾病靶点;分别将差异表达基因和疾病
靶点通过 R 语言及 Metascape 平台进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;使用
薛定谔(Schrödinger)及 Pymol 软件进行分子对接及修饰;制备二氧化硅刺激的巨噬细胞和上皮细胞模型,通过 PCR 技术
和蛋白免疫印迹(WB)验证分析结果。结果:筛选出矽肺病人差异表达基因 2065 个,滴注二氧化硅小鼠差异表达基因 2291
个,矽肺相关疾病靶点 803 个。GO 富集分析主要涉及 G 蛋白偶联受体结合、调节炎症反应、参与免疫反应等。KEGG 通
路富集分析主要包括细胞外基质-受体相互作用(ECM-receptor interaction)、TNF 信号通路、IL-17 信号通路等。不同来源
的差异基因和疾病靶点同时筛选出 IL-17 信号通路。分子对接结果表明矽肺药物粉防己碱与 IL-17 信号通路中的
RAF/MEK/ERK 通路有良好的结合效果。细胞实验表明粉防己碱通过调控 RAF/MEK/ERK 通路降低巨噬细胞中 TNF-α、
TGF-β 等炎症因子的表达,同时抑制上皮细胞中上皮间质转化及炎症因子表达。结论:粉防己碱通过 RAF/MEK/ERK 通路
调控炎症反应和上皮间质转化(EMT)从而影响早期矽肺进展。
[关键词] 矽肺;粉防己碱;生物信息学;分子对接;信号通路


Exploring the key pathways of tetrandrine in the
treatment of early silicosis based on bioinformatics and in
vitro experiments
[Abstract] Objective:Exploring the key pathways affecting the development of early silicosis based on bioinformatics and in
vitro experiments. Method:Collecting differentially expressed genes in silicosis patients through literature mining; Collecting
differentially expressed genes in silicon dioxide infusion mice by using a hi