文档介绍：VBM8 处理流程
下载和安装
SPM8:
从SPM官方网站( .)下载SPM8及最新的update包。把SPM8解压到要安装的目录,同时把update包解压,并直接覆盖SPM8相关内容,完成更新。然后打开matlab,把spm8文件夹加入matlab 路径目录,即完成安装。
VBM8:
从VBM官方网站((--/)下载压缩包,解压后放入spm8/toolbox下,即完成安装。
运行VBM8:
启动 matlab
>> spm fmri
Spm8àtoolboxàVBM8
VBM8分析流程简要
【字体颜色说明:红色的都是我添加的,其它颜色基本上都是本文原有的,另外我是按cat12这个工具包来补充的,所以最好结合cat12的英文使用说明一起看】
预处理
补充:【1、将要处理的图像通过SPM中的“Display”进行可视化后,点击显示页面左下方的“Set Origin”,然后点击这个按钮旁边的“Reorient”按钮,并保存结果(不确定这个需不需要,还是不保存了,貌似没用);
2、我先对TIW图像在SPM软件中进行Normalise(Est&Wri),两个输入图像的地方都输入这幅待处理的图像(这步不确定);将Bounding box设置成“-90 -126 -72;90 90 108”,将Voxel sizes 设置成“3 3 3”。这步会生成以w开头的图像文件。】
把T1W 标准化到MNI space(这步没做),并分割出灰质(GM),白质(WM),脑积液(CSF).相关参数可以通“Estimate and write”模块来调整。
通过“VBM8 Check data quality”菜单中的“Display One slice for all images”和“Check sample homogeneity using covariance”(这一步没成功,成功啦,不过不知道对不对)两个选项检查分割和标准化的质量。
采用spm自带的spm àsmooth选项对预处理好的组织图像进行平滑。
统计分析
通过SPMà Specify 2nd Level 模块指定统计模型。
采用SPMà Estimate 模块估计模型
采用SPMà Results 模块定义contrast,观测结果。
VBM 分析流程详细描述
组织分割与标准化
VBM8à Estimate and write
Volumes ßX :输入解剖图像,一般为T1W图像。由于在后续分割中,需要和MNI先验模板对齐,所以这里输入数据最好能和先验MNI 模板方向大致相同。若图像和模板方向差异较大,可以使用SPM的Display 和Check Reg按钮进行手动调整。
Estimation Options:使用默认参数即可。这里若不采用SPM自带的组织先验模板TPM,则可选择自己定制的模板。
Extended Options:使用默认参数即可。若要尽可能清除非大脑组织,可更换“Clean up any partitions”为“Thorough Clean up”。也可以尝试改变两类降噪方法的权重,。MRF的权重不需要调整。当不