文档介绍：中国农业科学院学位论文白菜、甘蓝与拟南芥比较基因组分析硕士研究生:孙思龙指导教师:王晓武研究员武剑副研究员申请学位类别:农学硕士专业:蔬菜学研究方向:蔬菜生物技术培养单位:蔬菜花卉研究所中国农业科学院研究生院密级:论文编号:提交日期月、
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媳易勰名弼叭、幼孙时间:如//年占月卵独创性声明如//关于论文使用授权的声明年加参本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及耳义得的研究成果。尽我所知,除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果,也不包含为获得中国农业科学院或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。⒈硎玖诵灰狻研究生签名:本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定,即:中《农业科学院有权保留送交论文的复印件和磁盘,允许论文被查阅和借阅,可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意中国农业科学院可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。时認:时间:导师签名:
嬲越绷嘶磊\\.\\肜爹件受易勘夏勿中国农业科学院硕士学位论文评阅人、答辩委员会签名表白菜、甘蓝与拟南芥比较基因组分析专业研究方向培养单位芯克蔬菜花卉研究所职称论文题目蔬菜遗传育论文作者孙思龙疏采字种指导教师王晓武硕姓名单位签名导师硕导口评博导囹硕导囹辩委博导囤博导口会议记录厥徐东辉论文答辩时间地点月障挛卟嘶ɑ苎芯克酆下会议室连勇研究员中国农业科学院蔬菜花卉阅巩振辉人副研究员裳主教授中作物遗传育种答北京蔬菜研究中心蔬菜学研究所西北农林科技大学刘福中张振贤林魁北京师范大学生物信息学中国农业科学院作物科学马有志刘凡孙日飞刘玉梅贝李锡香顾兴芳口●
摘要芸薹属记属于十字花目只ǹ己喔鲋郑是十字花科中最为重要的一个属。芸薹属内包含许多重要的油料、蔬菜及饲料作物,典型的代表有白菜、甘蓝及油菜等。比较基因组学是一门新兴的学科,主要是指不同物种之间利用共同的标记构建图谱或比较不同物种基因组相应部分蛉ú区域分析它们之间的结构关系、基因数目、相对位置等,以揭示不同物种之间基因组结构的异同。之前关于芸薹属比较基因组学的分析更多的集中在比较遗传作图以及部分基因组片段序列的比较研究上,全基因组水平上的分析还较少,影响了研究者对芸薹属起源进化的深入理解,因此,亟需对这方面的研究分析。本研究基于“国际白菜基因组测序计划”及“中澳甘蓝基因组测序项目”测序所得的白菜及甘蓝全基因组序列与拟南芥全基因组序列进行比较,并进行系统深入的共线性分析研究。以期揭示白菜、甘蓝基因组染色体结构特征及与拟南芥基因组的异同,为进一步分析白菜、甘蓝基因组进化演化过程提供理论基础。本研究获得了以下主要结果:ü逊⒈淼囊糯计狣及及本实验室以昙俏9羌芄建的遗传图谱来锚定白菜基因组序列至条染色体上。得到了如下结果:图谱共霰昙牵6鯯艹ざ;计坠个标记,锚定鯯艹ざ;图谱共霰昙牵6鯯艹ざ:图谱共霰昙牵6个,总长度恼磐计鬃芗泼6个、男蛄械桨撞跞旧迳希蓟蜃樽艹ざ鹊ィ琒谌旧迳系顺序及方向同时也通过遗传图谱综合分析确定,并基于此顺序构建了白菜的假染色体。妹6ǖ陌撞嘶蜃橛肽饽辖婊蜃榻凶⑹突虻谋冉希治龌蛭实墓蚕咝怨叵担找到白菜与拟南芥之间的共线性区域。得到了如下结果:白菜与拟南芥相比,经历了一个三倍化的过程,拟南芥中的一个保守区段能够在白菜中找到錾踔粮喔龈粗疲话撞酥斜J厍胃向于与“祖先种”相似,拟南芥相对来说有很多新的重组,在拟南芥中出现了一些新的保守区段的边界:与之前关于白菜保守区段的分析相比,我们在白菜基因组中发现了更多的新的保守区段,鹊取0撞擞肽饽辖婀蚕性分析结果有利地支持了白菜起源于六倍体祖先的假设。妹6ǖ母世痘蜃橛肽饽辖婊蜃椤撞嘶蜃榻凶⑹突虻谋冉希治龌蚣涞共线性关系,找到甘蓝与拟南芥、白菜之间的共线性区域。得到了如下结果:甘蓝与拟南芥相比,同样经历了一个三倍化的过程,拟南芥中的一个保守区段能够在甘蓝中找到錾踔粮喔龈粗疲这些发现有利地支持了甘蓝起源于六倍体祖先的假设;甘蓝与白菜相比,部分染色体的结构与白菜类似,自与白菜分开进化之后未发生大的结构变化,另一部分染色体结构与白菜相比却发生了大的变化,与甘蓝中的染色体的融合重排有关。关键词:白菜,甘蓝,拟南芥,锚定,共线性,比较基因组比如旧迳系腄上的癤
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国际白菜基因组计划⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.中澳甘蓝基因组测序项目⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。本研究的目的和意义⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.第二章白菜基因组序列的锚定⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯..前言⋯⋯⋯⋯⋯