文档介绍：谨以此文献给我的导师、家人及所有关心帮助过我的人
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学位论文完成日期:皇ん靡条斑紫菜功能基因组及重复序列特征研究指导教师签字:答辩委员会成员签字:
学位论文作者签名:枷易学位论文作者签名::砷¨年奎月;独创声明潞腿本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知,除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果,也不包含未获得或其他教育机构的学位或证书使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定,并同意以下事项:⒀S腥ūA舨⑾蚬矣泄夭棵呕蚧顾徒宦畚牡母从〖痛排蹋市论文被查阅和借阅。⒀?梢越宦畚牡娜ú炕虿糠帜谌荼嗳胗泄厥菘饨屑焖鳎梢采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同时授权清华大学“中国学术期刊馀贪电子杂志社糜诔霭婧捅嗳隒吨泄J蹲试醋芸狻罚授权中国科学技术信息研究所将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》。C艿难宦畚脑诮饷芎笫视帽臼谌ㄊ导师签字:签字日期:趂
条斑紫菜功能基因组及重复序列特征研究摘要条斑紫菜是具有重要经济价值和科学研究价值的大型红藻,是潮间带藻类抗逆分子生理学研究的理想模式物种。但是,目前对于其基因组信息知之甚少,对其环境耐受机制以及分子育种研究也都非常欠缺。本论文通过对条斑紫菜功能基因组及重复序列的全面系统研究,深入了解条斑紫菜转录组特性和基因组结构特征,为其抗逆育种和栽培技术改良提供重要参考。本论文主要包括以下内容:利用技术结合生物信息学方法对胁迫条件下的条斑紫菜转录组及小猩疃炔庑蚍治觯焕萌砑覆樘醢咦喜嘶因组及转录序列中的重复序列并进行比较分析;利用富集文库法筛选条斑紫菜和坛紫菜基因组微卫星标记并用于纯系鉴定和遗传分析。肧际醵圆煌碜刺筒煌财却淼奶醢咦喜嘶旌涎方行测序,共获得,条高质量序列,碱基总量为,跗骄ざ任的0鸦竦玫腢与数据库中比对分析,发现前者对后者有非常高的覆盖率,也证明了获得的序列绝大多数为条斑紫菜中的新序列。通过与数据库进行比对,发现条斑紫菜转录组中包含大量在其他物种中与光适应、失水适应以及抗氧化机制相关的功能基因,并且发现了红藻中未曾报道过的超氧化物歧化酶类型。通过分析,发现了条斑紫菜中的醮煌揪叮渲邪ㄒ惶跫附暾挠敫叩戎参锢嗨频腃疌脊潭途径和其他与抗逆机制相关的代谢途径。与数据库比对之后,ü孕财忍跫绿醢咦喜诵的深度测序,共获得高质量序列条,其中以数量最多,筛选其中表达量大于次的条泻笮治觥S胧菘獗榷裕页銎渲械膔主要结果如下:,组装后得到的
蛃布条,。利用条斑紫菜的萁衜前体预测,共找到醴前体标准的新类型谢蛟げ饨峁砻鳎渲条斡氲骺个靶基因的表达,而这些靶基因绝大部分参与生物代谢、物质转运及信号转导过程。ü曰蜃樾蛄泻妥B夹蛄兄械闹馗葱蛄薪猩覆楹捅冉戏治龇⑾郑在条斑紫菜中,小卫星重复总长占基因组不到ィ奖词系停运募罨槌类型最为丰富,且明显富含。基因组序列中的小卫星与转录序列中的小卫星相比在拷贝数、数量及长度比例上均略低。微卫星序列在基因组中的长度比例不到%,拷贝数主要分布在我韵拢匀罨馗蠢嘈妥钗7岣唬寮罨复类型最少,亲钗7岣坏幕颉;蜃樾蛄兄械奈⑽佬怯胱B夹蛄兄械微卫星相比,出现频率低,长度比例高。在条斑紫菜中,散布重复序列均由转座子和W幼槌桑仪罢弑壤陡哂诤笳摺转座子中最多,次之,最少。在所有转座元件中孔疃唷;蜃樾蛄中的转座元件与转录序列中的相比,出现频率高,长度比例也高。总之,条斑紫菜基因组序列中的重复序列总长度比例约为%,明显高于转录序列中的相应比例,而出现频率却相对较低。状瓮ü患缚夥ǎ竦蕴醢咦喜宋⑽佬且铩@闷渲引物对青岛汇泉湾野生群体进行微卫星位点评估,共获得个等位基因,平均每个位点的等位基因数目为行У任换蚴课.。利用对引物分析个不同地域来源的条斑紫菜丝状体,聚类结果显示这个个体根据地域的差别被明显地分为两支。利用微卫星标记分析单个叶片的扩增条带,发现同一位点两条不同带型的序列差别在于微卫星重复次数的不同。利用数据库搜索法和富集文库法,分别得到院杂薪虾美┰銎状奶匙喜宋⑽佬且铮⑶彝过实验证明了这些标记在遗传分析中的实用价值。关键词:条斑紫菜;转录组;;重复序列;微卫星
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