文档介绍：猷柰拙徊Ψ颉ぴ学位论文蛋白质一蛋白质相互作用界面和热点预测的方法研究申请学位级别:学位授予单位:张晓龙教授武汉科技大学计算机科学与技术学院答辩委员会主席:指导教师姓名:论文定稿日期:学位授予日期:评阅人:徐东平教授崔国华教授分类号:密级:罗慧萍许向阳副教授
论文储签名:继;/号龇Γ褐丛琏论文作者签名:篁鳌盏喝期:型武汉科技大学研究生学位论文创新性声明研究生学位论文版权使用授权声明本人郑重声明:所呈交的学位论文是本人在导师指导下,独立进行研究所取得的成果。除了文中已经注明引用的内容或属合作研究共同完成的工作外,本论文不包含任何其他个人或集体己经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体,均已在文中以明确方式标明。申请学位论文与资料若有不实之处,本人承担一切相关责任。本论文的研究成果归武汉科技大学所有,其研究内容不得以其它单位的名义发表。本人完全了解武汉科技大学有关保留、使用学位论文的规定,同意学校保留并向有关部门凑铡段浜嚎萍即笱Ч赜谘芯可宦畚氖章工作的规定》执行徒宦畚牡母从〖偷缱影姹荆市砺畚谋徊樵暮徒柙模同意学校将本论文的全部或部分内容编入学校认可的国家相关数据库进行检索和对外服务。指导教师签名:
武汉科技大学硕士学位论文摘要性都是通过蛋白质一蛋白质之间的相互作用来完成的。例如细胞的代谢、信号转导途径、免疫确认、粗啤⒒蚍牒偷鞍字屎铣傻取U攵缘鞍字室坏鞍字氏嗷プ饔玫奶氐恪关键词:蛋白质一蛋白质相互作用;蛋白质相互作用界面;蛋白质相互作用界面结构域;第蛋白质相互作用是分子生物学研究的热点和难点。蛋白质在细胞水平所发挥的生命活界面结构特征以及协调蛋白质相互作用中形成具有特定功能的结构模块的识别展开深入研究,有助于在分子、细胞和生物体等多个层次上全面揭示生命现象的本质。本文提出用机器学****方法来开展蛋白质相互作用界面特性的相关研究,旨在研究相互作用的界面结构域,以及界面关键作用点,从而由点及面的识别出具有生物功能的结构模块。它为蛋白质功能的解释提供了新的研究途径。通过对国内外有关界面的研究现状分析,发现界面的相关研究在计算机科学和数学领域内还存在较大的潜力。本文正是基于以上分析来开展研究工作。首先,提出一种基于氨基酸序列的自相关系数的蛋白质特征编码方式对相互作用界面进行预测;其次,提出基于图论的网络拓扑法来计算界面完整结构域;再次,提出了多特征随机融合法构建预测器对热点残基进行预测;最后,对热区模块的识别工作做了初步的调研,为下一步工作提供了研究方向。本文得到的界面预测结果较为稳定,因为蛋白质特征编码考虑了序列间的长程作用关系,从数学模型上改变蛋白质的编码从而提高了预测精度。热点残基的实验结果较为理想,反映了多特征随机融合能突破单纯依靠参数指标选择属性组合策略的局限性,并能在有限种属性组合下最大概率的寻找关联度较高且冗余度较低的属性组合。利用多特征随机融合得到的实验结果不仅能定量的对属性贡献率进行分析并反馈学****还能从整体上提高对热点残基结构和功能属性的认知。热点残基;热区
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武汉科技大学硕士学位论文目录摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。⋯⋯⋯。⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯,..⋯⋯⋯目录⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯第一章前言⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.研究背景与意义⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯..研究现状⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯..本文的研究内容⋯⋯⋯⋯⋯本文的结构安排⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯第二章蛋白质相互作用机制及其预测⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯蛋白质的组成与结构层次⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯..蛋白质相互作用的特点⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯..蛋白质相互作用的计算方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯..数据的可靠性挑战⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯相关数据库的应用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯本章小结⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.第三章基于氨基酸序列的界面预测⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。蛋白质特征提取⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯.⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯构建支持向量机预测器⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯界面预测器